针对您提出的“总公司签协议，可以分公司收款吗”这一问题，以下是我的详细解答：

首先，我们需要明确的是，在税务法规上，对于总公司签订合同后，分公司是否可以收款并开具发票，是有一定规定的。特别是针对建筑服务，税法中明确规定，建筑企业的建筑服务可以由总公司签订合同，分公司收款并开具发票。这一规定主要基于建筑服务的特殊性和总分公司的业务关联性。

然而，对于除建筑服务以外的其他业务，税法中并没有直接规定总公司签订合同后，分公司可以收款并开具发票。但这并不意味着其他业务就不能这样做，关键在于如何操作以确保合规性。

在实际操作中，如果甲方（即客户）同意与分公司签订合同，并由分公司开具发票和收款，那么这是完全可行的，且能确保合同、发票、资金三流一致，符合税务合规要求。

但如果甲方不同意与分公司签订合同，或者不同意将款项转入分公司账户，或者由于集团公司管理原因不允许分公司独立签订合同，那么可以考虑签订三方合同。即由项目甲方、总公司及分公司共同签订合同，合同中明确约定由分公司执行合同，并由分公司开具发票并办理财务结算等相关手续。

此外，关于总公司付款购买，发票是否可以开给分公司的问题，国家税务总局曾明确答复：只要业务真实，可以由总公司付款，发票开给分公司。独立核算的分公司也可以抵扣增值税。

综上所述，总公司签订协议后，分公司是否可以收款并开具发票，取决于具体的业务类型、甲方的要求以及公司的管理规定。在实际操作中，应确保合同、发票、资金三流一致，并遵循相关税务法规，以确保合规性。如果可能的话，建议与专业的税务顾问或律师进行咨询，以确保操作的合法性和合规性。