总公司签订合同后，分公司在得到总公司明确授权且合同对方同意的情况下，是可以代总公司收款的。不过，这一操作需要确保符合相关法律法规，并谨慎处理潜在的法律风险和财务规范问题。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与可行性
分公司的法律地位：
- 分公司作为总公司的分支机构，虽然不具有独立法人资格，但其民事责任由总公司承担。因此，在财务等方面，总公司和分公司存在关联性和统一性。从法律层面讲，分公司收款可视为总公司收款的一种表现形式，前提是得到总公司的明确授权。
合同约定的灵活性：
- 根据《民法典》等相关法律规定，合同双方可以通过协商一致变更合同履行方式。因此，如果总公司签订的合同中未明确约定收款方，或者双方同意变更收款方为分公司，并不违反法律强制性规定，具有合法性。
内部授权与外部确认：
- 总公司应通过内部文件等形式，明确分公司收款的权限范围、收款流程等，并对分公司收款行为进行监督和管理。同时，为了确保合同对方的知情权和同意权，建议签订补充协议或由合同双方及分公司共同确认分公司收款的具体事宜。
二、潜在风险及应对措施
税务风险：
- 收款方与合同签订方不一致可能引起税务机关的关注，影响发票开具和税务申报。特别是增值税的缴纳，需确保收款主体与开票主体一致，以避免税务抵扣等问题。
- 应对措施：及时与税务机关沟通，确保符合税收法规要求；必要时调整收款方式或合同条款，保持一致性；咨询专业税务人员，确保税务处理合规。
法律纠纷风险：
- 交易过程中出现纠纷时，收款主体与合同主体不一致可能使法律关系复杂化，增加维权难度。
- 应对措施：在合同中明确约定收款事宜，保留好相关证据和交易记录；出现纠纷时，积极应对，依法维权；如有需要，及时咨询专业律师的意见。
财务规范问题：
- 总公司和分公司需建立健全的财务管理制度，确保分公司收取的款项能够准确记录和及时划转至总公司，避免财务混乱。
- 应对措施：严格执行财务制度，保留好财务凭证和交易记录；定期进行内部审计和财务检查，确保财务规范；加强总公司对分公司的财务监督和管理。
三、操作建议
充分沟通：
- 在操作前与交易对方进行充分沟通，明确收款事宜和双方权利义务，确保对方同意由分公司收款。
签订补充协议：
- 如果合同中未明确约定收款方为分公司，建议签订补充协议或由合同双方及分公司共同确认分公司收款的具体事宜，包括但不限于收款账户信息、收款权限等。
咨询专业意见：
- 在实际操作中遇到复杂或不确定的法律问题时，应及时咨询专业律师或税务人员的意见，确保交易的合法性和合规性。
综上所述，总公司签订合同后由分公司收款的操作在符合法律规定和合同约定的情况下是可行的，但需谨慎处理潜在的法律风险和财务规范问题。通过充分沟通、签订补充协议、咨询专业意见等措施，可以有效降低风险，确保交易的顺利进行。