和分公司签合同，款项可以支付给总公司，但需满足一定条件并做好相应安排。以下是对此问题的详细分析：
一、法律基础与可行性
分公司的法律地位：
- 根据《中华人民共和国公司法》第十三条和《中华人民共和国民法典》第七十四条，分公司不具有独立的法人资格，其民事责任由总公司承担。因此，从法律主体关联性上看，总公司代分公司收款（或付款的逆向操作，即合同款项支付给总公司）不存在法律障碍。
合同约定的合法性：
- 如果合同双方在签订合同时明确约定允许将款项支付给总公司，或者后续通过补充协议达成此类约定，那么这种支付方式是符合合同约定的，具有合法性。
二、实际操作中的关键要点
明确的书面约定：
- 合同中应事先约定或后续通过补充协议明确款项可以支付给总公司的事项，包括支付的主体、具体款项内容、支付的条件和时间等关键信息。这有助于避免日后产生纠纷。
授权与追认：
- 分公司签订合同必须由总公司授权处理，以确保合同的合法性和有效性。如果合同相对方对款项支付给总公司存在疑虑，可以要求加盖公司印章或在合同未履行前要求公司进行追认。
沟通与通知：
- 分公司和总公司应及时就款项支付事宜与合同相对方进行沟通，并取得对方的同意和认可。总公司决定接受款项时，应向合同相对方发出正式的通知，并留存好相关通知的送达凭证。
财务处理与凭证留存：
- 总公司和分公司都应做好相应的财务记录和凭证留存，确保双方财务数据的一致性和准确性。总公司收款后应取得收款凭证，并在财务账目上清晰记录；分公司也应在自己的财务账目中对该笔款项情况进行记载。
税务合规与发票一致性：
- 款项支付可能涉及税务问题，因此必须确保发票的开具对象与实际交易和款项支付情况相符合。如果分公司已经进行了税务登记并可以独立开发票，那么应确保发票的开具与款项支付流的一致性。
三、风险提示与建议
合同相对方的同意：
- 如果合同相对方对款项支付给总公司存在疑虑或不同意，分公司仍需按照合同约定自行承担收款（或在此问题中对应的付款方应履行付款义务，若合同原定分公司收款则此处指确保合同正常履行的相关责任）责任，或与相对方协商达成新的约定。
法律合规性：
- 在实际操作中，应确保所有操作都符合相关法律法规的规定，以降低潜在的法律风险。如有需要，可以咨询我以获取更具体的法律建议。
举例说明：假设A公司与B公司的分公司签订了一份销售合同，约定由A公司向B公司的分公司销售一批货物，并明确约定款项可以支付给B公司。在这种情况下，A公司按照合同约定将货物交付给B公司的分公司后，可以将款项支付请求发送给B公司，并按照B公司的指示完成款项支付。这种操作方式在法律上是可行的，但前提是必须满足上述条件并做好相应的安排。
综上所述，和分公司签合同款项支付给总公司在法律上是可行的，但需满足一定条件并做好相应安排。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。