结论前置：和总公司签合同后，款项是否可以打给分公司，取决于合同的具体约定、分公司的法律地位以及实际操作中的合规性。在符合相关法律法规和合同约定的前提下，且确保财务和税务处理合规，款项是可以打给分公司的。
一、法律层面的可行性分析
分公司的法律地位：
- 根据《中华人民共和国公司法》和《中华人民共和国民法典》的相关规定，分公司不具有法人资格，其民事责任由总公司承担。这意味着分公司作为总公司的附属机构，在财务和业务上与总公司紧密相连。因此，从法律逻辑上看，总公司签订合同后，款项支付给分公司在法律上并不存在根本性障碍。
合同约定的收款方：
- 合同中明确约定的收款方是决定款项支付的关键。若合同约定收款方为总公司，则直接付款给分公司可能构成违约，除非合同双方协商一致并签订补充协议进行变更。反之，若合同明确允许或指定分公司为收款方，则付款给分公司是符合合同约定的。
二、实际操作中需注意的问题
授权与合同变更：
- 分公司因不具备法人资格，无法独立承担法律责任，因此在涉及款项支付等关键事项时，需获得总公司的明确授权。若合同中未明确约定分公司为收款方，建议通过签订补充协议的方式，由合同双方及分公司共同确认分公司收款的具体事宜，包括收款账户信息、收款权限等。
税务风险：
- 总公司付款给分公司时，必须确保交易的真实性和合理性，以避免被税务机关认定为虚开发票等违规行为。同时，分公司若提供了服务或货物，应按照规定开具发票，保证税务处理的合规性。税法要求付款时保持合同主体、付款流、发票流一致，以规避税务风险。因此，在付款给分公司时，需确保这些流程的一致性。
财务核算：
- 总公司和分公司需做好财务核算工作，准确记录款项的性质和用途。明确款项是用于分公司的运营成本、项目支出还是其他方面，以确保财务报表的准确性和透明度。这有助于避免财务混乱和潜在的税务风险。
第三方权益：
- 如果合同涉及第三方利益，如担保、保险等情况，付款给分公司可能需要通知第三方并获得其同意。这是为了避免因未经第三方同意而引发的法律纠纷。
三、综合建议
明确合同约定：
- 在签订合同时，应尽可能明确约定收款方为总公司还是分公司，以避免后续纠纷。若合同中未明确约定，且需付款给分公司，则应及时签订补充协议进行变更。
确保合规性：
- 在实际操作中，应确保所有操作符合相关法律法规的规定，包括税务处理、财务核算等方面。如有任何疑问或不确定之处，建议咨询专业税务人员或法律人士以确保合规性。
加强沟通与协商：
- 在涉及款项支付等关键事项时，应与合同对方进行充分沟通并取得其理解和配合。这有助于确保合同的顺利履行并避免潜在的法律纠纷。
综上所述，和总公司签合同后款项是否可以打给分公司需根据具体情况综合考虑法律、财务及税务等多方面因素。在实际操作中应谨慎处理并确保所有手续完善、合法合规以避免潜在的法律风险和财务纠纷。如有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。