结论前置：总公司签订合同后，款项打给分公司在法律上是可行的，但前提是必须符合相关法律法规的规定，并妥善处理合同、税务及财务核算等方面的问题。以下从多个角度进行详细分析：

一、法律层面的可行性

1. 分公司的法律地位

   • 分公司作为总公司的分支机构，不具有独立法人资格，其民事责任由总公司承担。这意味着分公司与总公司在财务和业务上紧密相连，总公司付款给分公司在法律上不存在根本性障碍。

2. 合同约定的收款方

   • 合同中明确约定的收款方是决定款项支付的关键。若合同约定收款方为总公司，则付款给分公司可能构成违约，除非合同双方通过补充协议等方式明确同意变更收款方为分公司。反之，若合同明确允许或指定分公司为收款方，则付款给分公司是符合合同约定的。

二、实际操作中需注意的问题

1. 授权问题

   • 分公司因不具备法人资格，在签订合同时需获得总公司的明确授权。为确保合同的法律效力，建议在合同中直接明确分公司收款的事宜，或通过补充协议、授权委托书等方式明确分公司收款的权限范围、收款流程等。

2. 税务风险

   • 总公司付款给分公司时，必须确保交易的真实性和合理性，以避免被税务机关认定为虚开发票等违规行为。同时，分公司若提供了服务或货物，应按照规定开具发票，保证税务处理的合规性。税法要求付款时保持合同主体、付款流、发票流一致，以规避税务风险。若分公司收款后未开具发票或开具发票不规范，可能引发税务问题。

3. 财务核算

   • 总公司和分公司需做好财务核算工作，准确记录款项的性质和用途。明确款项是用于分公司的运营成本、项目支出还是其他方面，以确保财务报表的准确性和透明度。若财务核算不清，可能导致总公司与分公司之间的财务纠纷。

4. 第三方权益

   • 如果合同涉及第三方利益，如担保、保险等情况，付款给分公司可能需要通知第三方并获得其同意，以避免引发不必要的法律纠纷。例如，若合同中有担保条款，且担保方仅同意对总公司承担担保责任，则付款给分公司可能影响担保方的权益。

三、操作建议

1. 明确合同约定

   • 在签订合同时，应尽可能明确约定收款方为总公司还是分公司，以避免后续纠纷。若合同中未明确约定，可通过补充协议或授权委托书等方式明确分公司收款的相关事宜。

2. 完善授权手续

   • 总公司应通过内部文件等形式，明确分公司收款的权限范围、收款流程等，并对分公司收款行为进行监督和管理。同时，提供明确的委托或授权证明给分公司，确保其收款行为的合法性。

3. 确保税务合规

   • 在付款给分公司时，应确保交易的真实性和合理性，并按照规定开具发票。若分公司未进行税务登记或无法独立开具发票，应由总公司开具发票并确保税务处理的合规性。

4. 加强财务核算

   • 总公司和分公司应建立健全的财务管理制度，确保分公司收取的款项能够准确记录和及时划转至总公司。同时，定期进行内部审计和财务检查，确保财务规范。

5. 沟通与协商

   • 在实际操作前，务必与合同对方进行充分沟通，确保其同意由分公司收款。若对方有疑虑或不同意，应寻求其他解决方案，如由总公司直接收款或通过其他合法途径解决。

总结来说，总公司签订合同后款项打给分公司在法律上是可行的，但需确保符合相关法律法规的规定，并妥善处理合同、税务及财务核算等方面的问题。若在实际操作中遇到复杂或不确定的法律问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律意见。