结论前置：合同由总公司签订，款项由分公司收取的操作在符合法律规定和合同约定的情况下是可行的，但需注意潜在的法律风险和财务规范问题。以下从多个角度进行详细分析：

一、法律依据与可行性

1. 分公司的法律地位

   • 分公司作为总公司的分支机构，不具有独立法人资格，其民事责任由总公司承担。因此，从法律层面讲，分公司收款可视为总公司收款的一种表现形式，这种操作在法律上并不被禁止。

2. 合同约定的有效性

   • 如果合同中明确约定了可以由分公司代为收取款项，且该约定不违反法律法规的强制性规定，不损害合同相对方的合法权益，则该约定合法有效。例如，合同条款中可以明确指出“本合同项下的款项支付至[分公司名称]的指定账户”。

3. 实际操作中的灵活性

   • 在商业实践中，由于总公司与分公司之间的紧密关联性，以及为了操作便利和效率考虑，经常会出现总公司签订合同、分公司收款的情况。只要这种操作不违反合同约定和法律规定，就是可行的。

二、存在的风险及应对措施

1. 税务风险

   • 风险描述：收款方与合同签订方不一致可能引起税务机关的关注，影响发票开具和税务申报。特别是增值税的缴纳，需确保收款主体与开票主体一致，以避免税务抵扣等问题。
   • 应对措施：及时与税务机关沟通，确保符合税收法规要求；必要时调整收款方式或合同条款，保持一致性。例如，可以在合同中明确约定发票开具和税务申报的相关事宜。

2. 法律纠纷风险

   • 风险描述：交易过程中出现纠纷时，收款主体与合同主体不一致可能使法律关系复杂化，增加维权难度。例如，如果分公司收款后未能及时将款项划转至总公司，或者出现其他财务问题，可能导致总公司与合同相对方之间的纠纷。
   • 应对措施：在合同中明确约定收款事宜和双方权利义务，保留好相关证据和交易记录；出现纠纷时，积极应对，依法维权。例如，可以要求分公司提供收款凭证和财务记录，以证明款项的收取和划转情况。

3. 财务规范问题

   • 风险描述：总公司和分公司需建立健全的财务管理制度，确保分公司收取的款项能够准确记录和及时划转至总公司，避免财务混乱。如果财务管理不善，可能导致资金流失、账目不清等问题。
   • 应对措施：严格执行财务制度，保留好财务凭证和交易记录；定期进行内部审计和财务检查，确保财务规范。例如，可以设立专门的财务账户用于分公司收款，并定期与总公司进行对账和结算。

三、操作建议

1. 充分沟通：在操作前与交易对方进行充分沟通，明确收款事宜和双方权利义务。这有助于避免后续出现纠纷和误解。

2. 完善合同条款：如果合同未明确约定收款方为分公司，建议签订补充协议或修改原合同条款，明确分公司收款的相关事宜。这有助于确保交易的合法性和合规性。

3. 加强财务管理：总公司和分公司应建立健全的财务管理制度，确保分公司收取的款项能够准确记录和及时划转至总公司。这有助于避免财务混乱和资金流失等问题。

综上所述，合同由总公司签订，款项由分公司收取的操作在符合法律规定和合同约定的情况下是可行的，但需谨慎处理潜在的法律风险和财务规范问题。如果你在实际操作中遇到任何问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。