结论前置：总公司签合同后，分公司在得到总公司明确授权，并且合同对方同意的情况下，是可以代总公司收款的。但此操作需确保符合相关法律法规，避免税务风险及后续纠纷。以下从多个角度进行详细分析：
一、法律允许性与授权重要性
分公司的法律地位：
- 分公司作为总公司的分支机构，不具有独立法人资格，其民事责任由总公司承担。因此，从法律上讲，总公司和分公司在财务等方面存在关联性和统一性，分公司收款可视为总公司收款的一种表现形式。
授权的重要性：
- 分公司若要代总公司收款，必须获得总公司的明确授权。授权可以通过内部文件、授权委托书等形式进行，确保分公司收款行为的合法性。若分公司未获得明确授权即进行收款，可能引发法律纠纷，导致总公司承担不必要的法律责任。
二、具体操作规范
合同明确约定：
- 总公司在签订合同时，应尽可能在合同中明确约定由分公司收款的具体事项，包括账户信息、收款金额等。这有助于避免给合同相对方造成困惑，并防范以收款主体不符为由的拒付风险。
- 若合同中未明确约定，可签订补充协议，由合同双方及分公司共同确认分公司收款的具体事宜。
发票开具与税务合规：
- 根据税法规定，发票应由销售商品或提供服务的单位向付款方开具。通常情况下，合同签订主体与发票开具主体应保持一致。因此，总公司应向合同相对方开具发票，确保税务处理的合规性。
- 分公司收款不影响总公司的开票义务，但需避免资金流、发票流和业务流不一致导致的税务风险。建议咨询专业税务人员，确保税务处理符合相关规定。
款项管理与财务独立：
- 分公司收取的款项应按照总公司的财务管理制度进行管理，明确款项归属总公司，并确保资金不被挪用。
- 分公司应保持财务独立核算，以便清晰追踪资金流动，避免未来可能的纠纷。
三、潜在法律风险及应对策略
表见代理风险：
- 分公司在收款过程中若超越权限行事，可能构成表见代理，导致总公司承担不必要的法律责任。为防范此风险，总公司应加强对分公司的管理，明确其权限范围，并及时向合同相对方披露相关信息。
债务承担风险：
- 尽管分公司的民事责任最终由总公司承担，但若分公司资金管理不善，可能影响总公司的资金周转和债务清偿能力。总公司应建立健全内部财务监督机制，加强对分公司资金的监管，确保款项及时、足额回笼。
授权不明或缺失风险：
- 若分公司未获得总公司明确授权即进行收款，可能导致合同无效或引发法律纠纷。为避免此类风险，总公司应在授权时明确授权范围、期限及责任，并确保分公司严格遵守授权内容。
四、操作建议
充分沟通：
- 在操作前与交易对方进行充分沟通，明确收款事宜和双方权利义务。确保合同对方同意由分公司收款，并保留好相关沟通记录。
签订补充协议：
- 如合同未明确约定收款方为分公司，建议签订补充协议或授权委托书，明确分公司收款的相关事宜。补充协议应详细列明收款账户信息、收款金额、收款时间等关键条款。
咨询专业意见：
- 在实际操作中遇到复杂或不确定的法律问题时，应及时向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见，确保交易的合法性和合规性。
综上所述，总公司签合同后由分公司收款的操作在法律上是可行的，但必须建立在合法合规的基础上。通过明确合同约定、加强财务管理与监督、防范潜在法律风险等措施，可以确保这一操作模式的顺利进行，并有效维护各方当事人的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。