合同中总公司签订但收款由分公司进行，这一操作在法律上并非绝对禁止，但需满足一定条件并注意潜在风险。以下从多个角度为您详细分析：
一、法律允许性与分公司性质
分公司性质：分公司作为总公司的分支机构，不具有独立法人资格，其民事责任由总公司承担。因此，从法律主体关系上看，分公司与总公司可视为一个整体，这为总公司签订合同后由分公司收款提供了法律上的合理性基础。
法律允许性：法律并未禁止总公司签订合同后由分公司收款的行为。只要分公司获得总公司的明确授权，且该安排不违反法律法规的强制性规定，这种操作方式通常是合法的。
二、操作可行性的具体条件
合同明确约定：
- 总公司在签订合同时，应明确约定由分公司收款的具体事项，如收款账户信息、收款金额等。这有助于避免给合同相对方造成困惑，并防范以收款主体不符为由的拒付风险。
- 例如，合同中可以写明：“本合同项下的款项，由乙方（总公司）指定其分公司（具体名称）代为收取，收款账户为分公司的XX账户。”
总公司授权：
- 总公司应出具明确的授权书给分公司，详细规定授权的范围、期限和责任。这有助于确保分公司收款行为的合法性，并防范表见代理等法律风险。
- 授权书内容可以包括：“兹授权我司分公司（具体名称）代为收取本合同项下的款项，授权范围限于本合同约定的金额和期限内，分公司收款行为视为我司行为，我司承担相应法律责任。”
合同相对方同意：
- 合同相对方对收款主体与签约主体不一致的接受程度是关键。为确保合同的顺利签订和履行，最好获得合同相对方的明确同意或事后追认。
- 可以通过补充协议或书面确认函的形式，获得合同相对方的同意，如：“我方（合同相对方）同意本合同项下的款项由乙方（总公司）的分公司（具体名称）代为收取。”
税务与会计处理合规：
- 保持资金流、发票流和业务流的一致性，确保税务处理的合规性。根据税法规定，发票应由销售商品或提供服务的单位向付款方开具。因此，总公司应向合同相对方开具发票，避免税务风险。
- 分公司收取的款项应按照总公司的财务管理制度进行管理，明确款项归属总公司，并确保资金不被挪用。
三、潜在法律风险及应对策略
表见代理风险：
- 分公司在收款过程中若超越权限行事，可能构成表见代理，导致总公司承担不必要的法律责任。为防范此风险，总公司应加强对分公司的管理，明确其权限范围，并及时向合同相对方披露相关信息。
债务承担风险：
- 尽管分公司的民事责任最终由总公司承担，但若分公司资金管理不善，可能影响总公司的资金周转和债务清偿能力。总公司应建立健全内部财务监督机制，加强对分公司资金的监管，确保款项及时、足额回笼。
授权不明或缺失风险：
- 若分公司未获得总公司明确授权即进行收款，可能导致合同无效或引发法律纠纷。为避免此类风险，总公司应在授权时明确授权范围、期限及责任，并确保分公司严格遵守授权内容。
四、综合建议
- 在进行总公司签订合同但由分公司收款的操作时，应首先确保合同的明确约定和合同相对方的同意。
- 总公司应出具明确的授权书给分公司，并详细规定授权的范围、期限和责任。
- 保持资金流、发票流和业务流的一致性，确保税务处理的合规性。
- 在实际操作前，咨询专业法律人士（即我本人，江伟律师），以确保所有操作都符合相关法律法规的规定。
通过以上分析和建议，可以确保总公司签订合同但由分公司收款的操作在法律上合规、风险可控，并有效维护各方当事人的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。