总公司签合同分公司付款是合法的。具体来说：
总公司与分公司的关系：
- 总公司是具有独立法人地位的公司，而分公司则是总公司直接从事业务经营活动的分支机构或附属机构。
- 分公司没有独立的法人资格，但其在总公司授权范围内，可以代表总公司进行业务活动，包括合同签订、款项结算等。
合法性分析：
- 当合同与总公司签订，而付款结算由分公司进行时，这样的操作是合理的，只要这种安排符合相关法律法规和公司章程的规定，并且经过了总公司的明确授权和批准。
- 分公司在进行付款结算时，应当遵循公司的财务管理制度和内部控制流程，确保款项的合规性和安全性。
- 总公司也应当对分公司的业务活动进行监督和管理，确保分公司的行为符合公司的整体利益和法律法规的要求。
法律依据：
- 根据《中华人民共和国公司法》第十四条：“公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。”这一规定明确了分公司与总公司的关系，以及分公司不具有独立法人资格，其民事责任由总公司承担的法律原则。
综上所述，总公司签合同分公司付款是合法的，但前提是这种操作需要符合相关法律法规和公司章程的规定，并且经过总公司的明确授权和批准。如果您在实际操作中遇到具体问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。