和总公司签约付款付给子公司，在符合一定条件下是合法的。具体分析如下：

一. 总公司与子公司的法律关系

1. 分公司是总公司旗下的分支机构或附属单位，虽名为“公司”，但并非公司法意义上的独立企业主体。《公司法》第十四条明确规定：“公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。”这表明分公司并不享有企业法人的权利，也无法独立承担民事责任。
2. 总公司与分公司在某些情况下能被当作同一个法律主体的不同部分。如果分公司得到了总公司的授权，或有相应的内部管理规定允许它接收款项，并将这些款项用于合同约定的业务上，那么这种行为通常是合法有效的。

二. 付款的合法性条件

1. 授权与内部管理规定：分公司接收款项需基于总公司的明确授权或内部管理规定。这是确保款项接收和使用合法性的关键。
2. 合同条款明确：合同条款中应明确规定付款的对象及相关事宜，以避免可能的法律风险。如果合同条款中未明确说明付款对象，或者付款对象与合同约定不符，可能会引发合同履行方面的问题。

三. 实际操作建议

1. 在签订合同时，应确保合同条款清晰明了，明确约定付款对象及相关事宜。
2. 付款前，应核实分公司是否得到了总公司的授权，或有相应的内部管理规定允许其接收款项。
3. 如有可能，建议与总公司、分公司共同签署三方协议，以明确各方的权利和义务，降低法律风险。

综上所述，和总公司签约付款付给子公司，在分公司得到总公司授权、合同条款明确且符合内部管理规定的情况下，是合法的。我建议在实际操作中，务必确保所有手续完备，以避免可能的法律风险。如有进一步需要，您可以继续咨询我。