结论：与子公司签订合同，原则上款项应支付给子公司，但在特定条件下，付款给母公司也是可能的，不过这需要满足一定的法律和合同要求。以下从不同角度进行分析：

一、合同相对性原则

1. 基本原则：根据合同法的相对性原则，合同是特定主体之间设立、变更、终止民事关系的协议。因此，与子公司签订的合同，原则上应由子公司作为收款方。
2. 法律后果：如果未经子公司同意，擅自将款项支付给母公司，可能构成对子公司合同权益的侵害，子公司有权要求付款方继续履行合同或承担违约责任。

二、特定条件下的付款可能性

1. 合同约定：如果合同中明确约定了付款可以支付给母公司，或者子公司出具了书面指示，要求将款项支付给母公司，那么在这种情况下，付款给母公司是合法的。

   • 示例：子公司因财务安排或税务筹划等原因，要求付款方将款项直接支付给母公司，并在合同中明确约定了这一条款。

2. 三方协议：子公司、母公司和付款方可以签订三方协议，明确约定付款给母公司的相关事宜，包括付款金额、付款时间、付款方式等。

   • 法律效果：三方协议一旦签订，即具有法律效力，各方应按照协议约定履行义务。

3. 法律允许的其他情形：在某些特殊情况下，如子公司破产、清算等，法律可能允许将原本应支付给子公司的款项支付给母公司或其他债权人。但这种情况较为特殊，且需要满足严格的法律条件。

三、法律建议与风险提示

1. 审查合同条款：在签订合同时，应仔细审查合同条款，确保付款方式、收款方等关键信息明确无误。如果需要将款项支付给母公司，应在合同中明确约定或取得子公司的书面指示。
2. 保留证据：在付款过程中，应保留好相关证据，如付款凭证、合同、三方协议等，以备不时之需。
3. 咨询专业律师：如果涉及复杂的法律关系或存在法律风险，建议咨询专业律师，以确保合同合法有效并降低法律风险。

后续行动建议：如果您在与子公司签订合同并考虑付款给母公司时遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。我将根据您的具体情况提供专业的法律意见和帮助。