分公司签署合同由母公司付款在一定条件下是可以的。以下是对此问题的详细分析：

1. 法律关系与责任承担：

   • 分公司作为母公司的分支机构，通常不具备独立的法人资格，其民事责任由母公司承担。
   • 分公司的财产实际上也属于母公司的财产范畴，因此分公司支付款项可被视为公司体系内部的资金调配。

2. 实际操作与意思自治：

   • 在商业实践中，为了交易的便利和资金管理的优化，付款主体与签约主体不完全一致的情况时有发生。
   • 只要合同双方协商一致，并同意由分公司来支付合同款项，这种操作是可行的，体现了合同法中的意思自治原则。

3. 授权与约定的重要性：

   • 分公司代母公司付款应基于母公司的明确授权或双方之间的财务关联/约定。
   • 建议在合同中明确约定或另外签订补充协议，详细说明分公司付款的具体事宜以及各方的权利义务，以确保交易的顺利进行和各方的合法权益得到保障。

4. 特殊情况下的考虑：

   • 如果分公司付款的行为超出了其经营范围或者没有得到母公司的明确授权，可能会构成无权代理或越权行为。
   • 如果付款行为涉及欺诈、虚假交易等违法目的，无论是母公司签合同还是分公司付款，都属于违法行为。

5. 税务和财务层面的考虑：

   • 从税务角度看，只要母公司签订的合同和分公司的付款行为是基于真实的业务交易，并且符合税法规定的纳税义务和申报要求，一般不会存在税务违规问题。
   • 从财务角度看，企业内部财务管理制度健全的情况下，母公司签订合同后安排分公司付款是一种常见的资金管理方式。

综上所述，分公司签署合同由母公司付款在特定条件下是可行的，但应确保符合法律关系、得到明确授权或约定，并考虑税务和财务层面的合规性。如有具体合同或情况需要咨询，请直接向我提问，我将根据你的实际情况提供更具体的法律建议。