结论：分公司作为合同主体（实际为母公司签订合同）而由母公司付款，在符合一定条件下是合法且合规的，但需注意确保操作过程符合相关法律法规及公司内部管理规定，以避免潜在的法律风险和纠纷。以下从法律、财务和税务三个角度进行详细分析：
法律层面
合同相对性原则：
- 根据合同的相对性原则，合同权利和义务应由合同主体承担和履行。母公司签订的合同，原则上应由母公司履行付款义务。若由母公司直接付款（尽管问题中提及分公司作为合同主体表述可能产生一定混淆，但核心在于付款行为的合规性），这实际上是母公司履行自身合同义务，自然不违规。若实际情境为母公司签订合同后，指示或允许分公司代为付款，则可能构成对合同履行方式的变更，需经合同另一方同意，否则对方有权拒绝并要求母公司按约履行。
特殊情况下的合法性：
- 若合同中明确约定可由分公司代母公司付款，或双方协商一致同意分公司代为付款，则分公司付款行为合法有效。此外，分公司作为母公司的分支机构，在法律上虽可能不具有独立的法人资格，但在一定范围内可以以自己的名义从事民事活动，包括基于母公司的授权或内部关系进行付款。
潜在法律风险：
- 若分公司付款行为超出了其经营范围或没有得到母公司的明确授权，可能构成无权代理或越权行为，引发法律风险。例如，分公司擅自为母公司的其他无关业务支付款项，且没有母公司的事先许可，这种行为可能违反法律规定，损害公司或其他股东的利益。
财务层面
符合财务管理规范时不违规：
- 在企业内部财务管理制度健全的情况下，母公司签订合同后安排分公司付款是一种常见的资金管理方式。这有助于企业合理调配资金，提高资金使用效率，降低财务成本。
违反财务管理规定时违规：
- 如果企业的财务管理混乱，没有明确的资金审批流程和监督机制，分公司随意付款可能导致资金失控、财务风险增加等问题。例如，分公司负责人未经任何审批程序就擅自为母公司的合同付款，这违反了企业财务管理的基本原则。
税务层面
正常业务往来不违规：
- 只要母公司签订的合同和分公司的付款行为是基于真实的业务交易，并且符合税法规定的纳税义务和申报要求，一般不会存在税务违规问题。例如，母公司签订销售合同后，将货物交付给客户，由客户所在地的分公司收取货款并按照规定缴纳增值税等相关税费，这种操作在税务上是合理合法的。
存在税务风险时违规：
- 如果利用母子公司和分公司之间的这种付款安排进行税收筹划，但不符合税法的规定，就可能构成税务违规行为。例如，为了逃避税收，故意将利润转移到低税率地区的分公司，通过不合理的付款方式来调整应纳税所得额，这种行为一旦被税务机关查处，将面临补缴税款、滞纳金和罚款等处罚。
实际操作与注意事项
- 合规操作：为确保交易合规，建议在合同中明确付款主体和方式，或付款前征得对方同意，并严格遵守公司内部财务管理制度和法律法规。
- 完善内部管理：企业应建立健全的财务管理制度，明确资金审批流程和监督机制，确保分公司付款行为的合规性和合理性。
- 税务筹划合规性：若存在税务筹划需求，应确保筹划行为符合税法规定，避免利用付款安排进行不合理的税收规避。
总结：分公司作为合同主体（实际为母公司签订合同）而由母公司付款，在法律、财务和税务层面均需满足一定条件以确保合规性。在实际操作中，企业应综合考虑合同内容、公司内部管理规定及法律法规要求，谨慎处理以防范潜在风险。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。