与总公司签订合同，资金付给分公司，在符合一定条件下是合法的。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

一、合同相对性原则与特殊约定

1. 合同相对性原则：

   • 合同是总公司与其他主体签订的，原则上应由总公司履行付款义务，收款方也应当是合同中约定的相对方。若合同未明确约定或未经对方书面同意，直接付款给分公司可能构成违约。

2. 存在特殊约定的情况：

   • 如果合同中明确约定了可以将款项支付给分公司，或者经过对方书面同意，那么付款给分公司就是合法有效的。这种约定在大型集团公司间的采购合同、服务合同等中较为常见，只要双方真实意思表示且不违反法律法规，即为合法。

二、分公司的法律地位与经营权限

1. 分公司的法律地位：

   • 分公司作为总公司的分支机构，不具有独立法人资格，其民事责任由总公司承担。但分公司可以在总公司的授权范围内从事经营活动，包括签订合同、收取款项等。

2. 分公司的经营权限：

   • 如果分公司的经营活动与合同相关，且总公司有相应的授权或安排，那么付款给分公司是合法的。例如，分公司作为总公司的销售部门，负责销售产品并收取货款，这种情况下付款给分公司是合理的。

三、财务与税务合规性

1. 财务规范：

   • 公司付款给分公司需要有合理的依据和规范的财务流程，包括付款凭证、审批手续等。这有助于确保资金流向清晰、合理，避免账目混乱和财务风险。

2. 税务合规：

   • 付款给分公司可能涉及税务问题，如企业所得税的分配和缴纳等。应确保操作符合税务法规要求，避免税务风险。特别是跨地区付款时，更需注意税务合规性，如是否需要预缴税款、如何申报纳税等。

四、实际操作建议

1. 明确合同条款：

   • 在签订合同时，应明确约定付款方式、收款账户等关键条款。如果希望将款项支付给分公司，应在合同中明确约定，并确保对方同意。

2. 确保分公司资质：

   • 分公司应拥有独立的营业执照和银行账户，以便直接接收付款。如果分公司没有这些资质，可能需要通过总公司进行操作，或者先办理相关资质。

3. 遵循内部程序：

   • 总公司付款给分公司应遵循公司内部决策程序，如经过股东会、董事会批准，并办理相关财务手续。这有助于确保付款行为的合法性和合规性。

4. 寻求专业法律意见：

   • 在进行此类操作时，如果涉及复杂的法律问题或高风险业务，建议向我咨询，以确保所有环节均合法合规，避免潜在的法律风险。

总结来说，与总公司签订合同后将资金付给分公司，在合同有明确约定、分公司具备相应资质、且遵循财务和税务规范的前提下，是合法的。但具体操作时，应确保所有环节均符合相关法律法规的要求，以避免可能的法律风险。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。