结论前置：合同与分公司签订，付款能否付给母公司，不能一概而论，需结合具体情况从法律、合同约定及实际操作等角度进行分析。
法律层面
合同相对性原则：
- 根据合同的相对性原则，合同的权利和义务原则上应由合同主体承担和履行。若合同是与分公司签订的，那么付款义务通常应由分公司承担。若要将付款义务转移给母公司，可能构成对合同履行主体的变更，需经合同另一方（即与分公司签订合同的对方）的同意，否则对方有权拒绝并要求分公司按约履行付款义务。
特殊情况下的合法性：
- 若合同中明确约定了付款可以付给母公司，或者双方协商一致同意将付款义务转移给母公司，那么这种付款行为是合法有效的。
- 分公司作为母公司的附属机构，虽然不具有独立法人资格，但在一定范围内可以以自己的名义从事民事活动。如果分公司基于与母公司的内部关系，按照母公司的授权进行付款，且这种付款行为不违反法律法规的强制性规定，那么也是被允许的。
合同约定层面
- 合同条款的明确性：
- 在签订合同时，应尽可能明确付款主体和方式。如果合同中明确约定了付款可以付给母公司，那么按照合同约定执行即可。
- 如果合同中没有明确约定，但双方在实际操作中形成了惯例或默契，且这种惯例或默契不违反法律法规和公序良俗，那么也可以视为双方对合同的一种补充约定。
实际操作层面
合规操作：
- 为确保交易合规，建议在合同中明确付款主体和方式，或者在付款前征得合同另一方的同意，并严格遵守公司内部财务管理制度和相关法律法规。
- 分公司付款时，应进行正确的账务处理，保证财务信息的真实性。同时，涉及税务问题如发票开具、税务申报等，也需遵守相关税收法规，避免税务风险。
潜在风险与纠纷：
- 若分公司付款行为无合理约定或安排，可能引发法律风险，如对方主张分公司未履行合同义务，要求承担违约责任。此外，分公司付款瑕疵还可能影响母公司的信用和商业声誉。
- 在复杂商业交易中，多主体、多法律关系交织，分公司付款若无清晰约定和规范流程，易产生纠纷，增加解决难度和成本。
举例说明
- 示例一：甲公司与乙分公司签订了一份采购合同，合同中明确约定了付款可以付给甲公司的母公司丙公司。在这种情况下，乙分公司按照合同约定将款项付给丙公司是合法有效的。
- 示例二：甲公司与乙分公司签订了一份采购合同，但合同中没有明确约定付款主体。在实际操作中，甲公司要求乙分公司将款项付给其母公司丙公司，但乙分公司未经甲公司同意擅自将款项付给了丙公司。在这种情况下，甲公司有权要求乙分公司按照合同约定履行付款义务，并可能要求乙分公司承担违约责任。
总结与建议：合同与分公司签订时，付款能否付给母公司需根据合同约定、法律法规及实际操作情况综合判断。为确保交易合规和避免潜在风险，建议在签订合同时明确付款主体和方式，并在付款前征得合同另一方的同意。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。