结论：和子公司签协议但打款到总公司，这种操作是否合法，取决于协议的具体内容、资金用途以及相关法律法规的遵循情况。以下从不同角度进行分析：
一、协议内容与资金用途的合法性
协议内容明确性：
- 如果协议中明确约定了款项的支付方式、支付对象（虽为子公司名义签订，但约定打款至总公司账户）以及资金用途，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种操作在协议层面是合法的。
- 例如，子公司因业务需要，与第三方签订采购协议，但约定采购款项由总公司支付，以简化财务流程或利用总公司的资金优势。只要协议中明确约定了这一点，且双方均同意，这种操作就是合法的。
资金用途合规性：
- 款项打入总公司账户后，必须按照协议约定的用途使用，不得挪作他用。如果资金被用于非法活动或违反协议约定的用途，那么这种操作就可能构成违法。
- 例如，如果协议约定款项用于子公司的正常运营，但实际上被总公司用于偿还债务或进行其他投资，这就可能构成违约或违法。
二、相关法律法规的遵循
公司法规定：
- 根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，公司之间应当遵循诚实信用原则，不得损害公司、股东或债权人的利益。如果和子公司签协议打款到总公司的操作损害了子公司、股东或债权人的利益，那么这种操作就可能违反公司法。
- 例如，如果总公司通过这种方式抽逃子公司资金，导致子公司无法正常运营或偿债，这就可能构成违法。
税法规定：
- 款项的支付和接收可能涉及税务问题。如果打款到总公司账户后，未按照税法规定进行税务申报和缴纳，那么这种操作就可能构成偷税漏税等违法行为。
- 例如，如果总公司未将收到的款项计入收入，未缴纳相应的企业所得税或增值税，这就可能构成违法。
反洗钱法规定：
- 如果款项的支付和接收涉及大额资金或频繁交易，可能触发反洗钱法的相关规定。如果未按照反洗钱法的要求进行报告和备案，那么这种操作就可能构成违法。
三、实际操作中的建议
明确协议内容：
- 在签订协议时，应明确约定款项的支付方式、支付对象以及资金用途，确保协议内容合法、合规且明确无误。
遵循法律法规：
- 在操作过程中，应严格遵守相关法律法规的规定，确保款项的支付和接收合法、合规，避免触犯法律红线。
保留相关证据：
- 应保留与协议签订、款项支付和接收相关的所有证据，如协议文本、付款凭证、收款凭证等，以备不时之需。
总结来说，和子公司签协议打款到总公司是否合法，取决于协议的具体内容、资金用途以及相关法律法规的遵循情况。在实际操作中，应确保协议内容明确、合法合规，并严格遵守相关法律法规的规定。如果有任何疑问或不确定之处，建议直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见。