总公司签订合同后付款给分公司，在法律上是可行的，但需满足一定条件并谨慎处理相关事宜。以下是对此问题的详细分析：

一、法律层面的可行性

1. 分公司的法律地位：

   • 分公司作为总公司的附属机构，不具备独立法人资格，其民事责任由总公司承担。这一法律地位决定了分公司在财务和业务上与总公司紧密相连，因此总公司付款给分公司在法律上并不构成根本性障碍。

2. 合同约定的收款方：

   • 合同中明确约定的收款方是决定款项支付的关键。若合同明确允许或指定分公司为收款方，则付款给分公司是符合合同约定的。反之，若合同约定收款方为总公司，则未经同意付款给分公司可能构成违约。

二、实际操作中需注意的问题

1. 授权与合同披露：

   • 分公司因不具备法人资格，在签订合同时需获得总公司的明确授权。同时，若付款给分公司，建议在合同签订前向合同相对方披露该付款安排，以避免后续纠纷。

2. 税务风险与合规性：

   • 总公司付款给分公司时，必须确保交易的真实性和合理性，以避免被税务机关认定为虚开发票等违规行为。分公司若提供了服务或货物，应按照规定开具发票，保证税务处理的合规性。此外，需确保合同主体、付款流、发票流一致，以规避税务风险。

3. 财务核算与记录：

   • 总公司和分公司需做好财务核算工作，准确记录款项的性质和用途。明确款项是用于分公司的运营成本、项目支出还是其他方面，以确保财务报表的准确性和透明度。同时，保持准确、完整的财务记录，以接受监管机构审查。

4. 第三方权益保护：

   • 如果合同涉及第三方利益，如担保、保险等情况，付款给分公司可能需要通知第三方并获得其同意，以避免引发不必要的法律纠纷。

三、综合建议

1. 合同约定明确：

   • 在合同中详细约定付款条件、方式、时间以及收款方等条款，为纠纷解决提供法律依据。若允许付款给分公司，应明确约定并确保合同相对方同意。

2. 遵守公司章程与内部规定：

   • 确保付款行为符合公司章程和相关内部规定，避免内部管理风险。

3. 咨询专业顾问：

   • 在实际操作中，建议咨询专业律师或会计师，确保所有行为的合法性和合规性。他们可以提供具体的法律意见和税务筹划建议，帮助公司规避潜在风险。

4. 建立内部控制制度：

   • 总公司与分公司之间应建立完善的内部控制制度和财务管理流程，确保交易的合法性和合规性。这包括明确的授权审批流程、财务核算规范以及内部审计机制等。

综上所述，总公司签订合同后付款给分公司在法律上是可行的，但需满足一定条件并谨慎处理相关事宜。通过明确合同约定、遵守公司章程与内部规定、咨询专业顾问以及建立内部控制制度等措施，可以确保付款行为的合法性和合规性，维护公司的合法权益并避免潜在的法律风险。