针对您提出的“总公司签的合同可以分公司付款吗”这一问题，我可以给出以下详细解答：

首先，我们需要明确总公司与分公司之间的法律关系。分公司是总公司下属的直接从事业务经营活动的分支机构或附属机构，它并不具有独立的企业法人资格，也不具有独立的法律地位，因此不独立承担民事责任。分公司的财产实际上是总公司财产的一部分，其经营活动中的负债也由总公司负责清偿。

接下来，我们分析合同付款的问题。在一般情况下，与总公司签订的合同，付款义务应当由总公司来承担。但是，如果总公司与分公司之间进行了协商，并且双方同意由分公司来代为付款，那么这种操作是合理的。不过，为了确保合同的合法性和有效性，以及避免后续可能出现的纠纷，建议在合同中明确注明付款方式为分公司代付，并明确合同的诉讼主体为总公司。

此外，还需要注意的是，虽然分公司可以代表总公司进行一些业务活动，但它在法律上并不具备独立的地位。因此，在处理与分公司相关的业务时，必须确保有总公司的明确授权，并按照规定的流程来进行操作，以避免承担不必要的法律责任。

综上所述，总公司签的合同在总公司与分公司协商一致，并在合同中明确注明的情况下，可以由分公司代为付款。但为了确保合同的合法性和有效性，以及避免后续纠纷，建议在操作过程中务必谨慎并遵循相关法律法规。