针对您提出的“给总公司签的合同但是在分支机构交社保是否合法”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
结论前置：在符合一定条件并确保操作合法合规的前提下，与总公司签订劳动合同而由分支机构（分公司）缴纳社保是可行的。
法律层面分析
分公司主体资格：
- 分公司作为总公司的分支机构，虽不具有独立法人资格，但其民事责任由总公司承担。若分公司依法取得营业执照或登记证书，根据《中华人民共和国劳动合同法实施条例》的相关规定，它有权在总公司授权下与员工建立劳动关系，并办理社保缴纳等事宜。
社保缴纳的属地管理：
- 根据《社会保险费征缴暂行条例》等法规，用人单位应向当地社会保险经办机构办理社保登记并按时缴费。因此，企业为方便管理和符合当地政策，选择在实际工作地的分公司缴纳社保，只要符合当地规定，此做法是被允许的。
实际操作要点
明确劳动关系：
- 必须确保员工与总公司存在真实的劳动关系，这可以通过劳动合同中的明确约定、总公司内部文件或员工确认书等方式来证明。同时，分公司缴纳社保应是基于总公司的安排和授权。
获得员工同意：
- 在操作前，必须获得员工的明确同意，因为这涉及到员工个人社保权益的实现方式。建议在劳动合同中明确约定社保缴纳主体，或者让员工签署关于社保缴纳方式的确认书。
了解当地政策：
- 不同地区的社保管理政策和规定存在差异，因此，在操作前，应事先向当地社保部门咨询了解具体政策，确保操作符合当地规定。
完善内部管理：
- 总公司应做好资金安排和账目处理，确保分公司缴纳社保的资金来源清晰、合规。同时，在内部管理上应有完善的流程和记录，以应对可能的审计或检查。
潜在风险及应对措施
劳动纠纷风险：
- 若员工以社保缴纳主体与劳动合同签订主体不一致为由主张未依法缴纳社保，企业可能面临法律风险。为降低这种风险，除了获得员工同意外，还应保留好相关证据，如劳动合同、员工确认书、社保缴纳凭证等。
社保部门处罚风险：
- 如果当地社保部门认为缴纳方式不符合规定，可能会对企业进行处罚。因此，企业应积极与社保部门沟通，争取得到认可，若存在问题及时按照要求整改。
总结：与总公司签订劳动合同而由分支机构缴纳社保在法律上是可行的，但企业必须严格遵守相关法律法规和政策规定，确保操作的合法合规性。同时，企业应采取相应的措施来降低潜在的法律风险，如获得员工同意、了解当地政策、完善内部管理等。这样，既能保障企业的正常运营，也能维护员工的合法权益。