子公司员工的社保交在总公司，在符合特定条件的情况下是合法的。具体分析如下：

1. 法律关系与主体资格
   根据《社会保险法》第五十七条，用人单位应当自成立之日起三十日内向当地社保经办机构申请办理社保登记。子公司作为独立法人，原则上应以其自身名义为员工办理社保。但若子公司与总公司存在合法有效的委托代缴协议，且协议内容明确双方权利义务（如费用承担、申报流程等），则总公司可代为缴纳社保。此时需注意：

   • 子公司需向社保部门备案委托代缴关系；
     
   • 社保缴费基数仍需以子公司员工的实际工资为准，避免因基数不实引发纠纷。

2. 税务与劳动合规风险

   • 税务风险：若子公司与总公司存在关联交易（如资金往来），需确保社保费用支付符合独立交易原则，避免被税务机关认定为转移利润或偷逃税款。
     
   • 劳动合规风险：员工与子公司签订劳动合同，但社保由总公司缴纳，可能引发以下争议：
     
     • 员工主张与总公司存在事实劳动关系（如工伤认定、经济补偿等）；
       
     • 社保缴纳地与实际工作地点不一致，影响员工享受社保待遇（如医保报销、生育津贴等）。
       建议：在委托代缴协议中明确约定“社保代缴不改变劳动关系归属”，并要求员工签署书面确认文件。

3. 实务操作建议

   • 优先选择子公司独立缴纳：若子公司具备独立缴纳条件（如注册地与办公地一致），建议以子公司名义直接缴纳，避免法律风险。
     
   • 委托代缴的合规要点：
     
     • 签订书面协议，明确费用承担、申报责任等条款；
       
     • 确保社保缴费记录与员工劳动合同、工资发放主体一致；
       
     • 定期向员工公示社保缴纳情况，保留书面确认记录。
       

总结：子公司员工社保交在总公司并非绝对违法，但需满足“合法委托+备案+合规操作”等条件。若您需进一步评估具体操作风险或起草委托协议，可直接向我咨询，我会结合子公司与总公司的股权结构、业务模式等细节提供针对性方案。