针对您提出的问题“子公司人员社保由母公司缴纳是否合法”，以下是我为您提供的详细解答：
一、合法性及合规性分析
母公司与子公司作为两个独立的法人实体，各自承担独立的法律责任。根据《社会保险法》等相关法律法规，用人单位应自用工之日起三十日内为其职工申请社会保险登记，并按时足额缴纳社保费。因此，在正常情况下，子公司员工的社保应由子公司自行缴纳。
然而，在特定情况下（如子公司刚成立、人员或财务能力有限等），母公司可能会代为缴纳社保。这种代缴行为在法律上并非绝对禁止，但存在一定的风险和限制，可能面临劳动关系与社保缴纳主体不一致的问题，从而引发法律争议。
为确保代缴社保的合法合规性，必须满足以下条件：
- 存在真实劳动关系：代缴社保应基于子公司与员工之间真实存在的劳动关系，并能提供充分的证据进行证明。
- 明确协议约定：母公司与子公司之间应签订书面的代缴协议，详细约定代缴的具体事项，包括代缴的范围、期限、费用承担方式以及双方的权利和义务等。
- 合规操作：代缴社保的操作必须符合当地社保法律法规的要求，包括正确的社保基数、费率计算以及及时的申报和缴纳等。
二、操作流程与注意事项
若决定由母公司代缴子公司员工的社保，应遵循以下操作流程和注意事项：
- 签订代缴协议：双方应签订正式的代缴协议，明确各自的权利和义务，作为未来争议解决的依据。
- 财务处理清晰：子公司应将社保费用准确支付给母公司，母公司在收到款项后代为缴纳，并做好相应的财务记录。双方应定期结算，确保资金流向和使用透明合规。
- 员工告知与同意：应向子公司员工明确说明社保代缴的情况，并获得其同意。确保员工的社保权益不受损害，避免不必要的劳动纠纷。
- 合规申报与缴纳：严格按照当地社保法律法规的要求进行申报和缴纳，确保操作合规性，降低法律风险。
三、潜在风险及应对措施
- 劳动纠纷风险：若员工以社保缴纳主体与实际工作单位不一致为由主张权益受损，企业可能面临法律诉讼。为应对此风险，应保留好能证明真实劳动关系及代缴合理性的证据。
- 社保部门处罚风险：社保部门可能认为代缴行为不符合规定而进行处罚。企业应积极与社保部门沟通解释情况，并及时纠正不符合规定的操作。
- 长期可持续性风险：长期由母公司代缴社保可能不利于子公司的独立发展和管理。随着子公司的发展壮大，应逐渐建立起自己的社保缴纳体系和管理能力。
四、总结与建议
综上所述，子公司人员社保由母公司缴纳在实践中虽时有发生，但必须谨慎操作以确保合法合规性。双方应签订明确的代缴协议并遵守相关法律法规要求。同时考虑到可能的法律风险和长远影响，建议企业在实施代缴前咨询专业的法律顾问或律师进行进一步指导和帮助。长期来看，子公司应逐步建立自己的社保缴纳体系以实现独立管理和发展。