关于母公司代缴子公司员工社保的合法性问题，这是一个涉及劳动法规、社保法规以及公司法人独立性的复杂问题。以下是对此问题的详细解答：

首先，我们需要明确母公司和子公司之间的法律地位。母公司和子公司是两个独立的法人实体，它们各自承担独立的法律责任。在正常情况下，员工的社保应该由与其签订劳动合同的公司来缴纳。这是基于劳动合同关系以及社保缴纳规定所确定的。

然而，在实际操作中，可能会存在母公司代为缴纳子公司员工社保的情况。这种做法的合法性主要取决于是否满足相关法律法规的规定。根据《中华人民共和国社会保险法》第五十八条，用人单位应当自用工之日起三十日内为其职工向社会保险经办机构申请办理社会保险登记。这意味着，即使是母公司代缴，也必须在法律规定的时限内为子公司员工办理社保登记，并确保代缴的社保费用正确列支，符合相关税法规定。

同时，代缴社保并不改变员工与子公司之间的劳动合同关系。员工仍然是与子公司签订劳动合同，子公司承担劳动法上的权利和义务。母公司代缴社保只是一种代为履行义务的行为，并不构成劳动关系的转移。

此外，代缴社保还涉及到财务和税务的处理问题。母公司需要确保代缴的社保费用在财务上得到正确处理，并符合相关税法规定。子公司也需要对这部分费用进行正确的财务核算和税务申报。

综上所述，母子公司之间可以代缴社保，但必须在合法合规的前提下进行。这包括确保在法律规定的时限内为子公司员工办理社保登记、保持劳动合同关系不变、以及正确处理财务和税务问题。如果未能满足这些条件，那么母公司代缴子公司员工社保的做法可能会被视为不合法。

因此，建议在实际操作中，母公司和子公司应该咨询专业的法律、财务和税务顾问，确保代缴社保的做法符合相关法律法规的规定，并避免可能出现的法律风险。