针对“子公司发工资，总公司缴纳社保”这一做法的合法性问题，我进行了详细的分析，以下是我的解答：
一、法律基础与风险分析
法律规定：
- 根据《社会保险法》等相关法律法规，用人单位有义务为与其建立劳动关系的职工缴纳社保费。通常，这个“用人单位”指的是与劳动者直接签订劳动合同的实体，即在本案例中的子公司。
风险点：
- 当总公司为子公司员工缴纳社保时，会造成社保关系和劳动关系不一致。这种不一致在发生劳动纠纷时，可能给责任认定带来麻烦，仲裁机构或法院可能会认定用人单位存在违法行为，进而要求其承担相应法律责任。
- 此外，这种安排还可能影响员工的工伤认定、福利待遇享受以及税务处理，增加潜在风险。
二、实际操作中的考虑
合规性：
- 为确保合规并避免潜在风险，建议一般由实际用人单位（即子公司）负责工资发放和社保缴纳。这是最直接且符合法律法规要求的做法。
特殊情况处理：
- 在某些特殊情况下，如集团公司内部的人力资源管理和财务统筹安排，若需维持“子公司发工资，总公司缴纳社保”的安排，应确保符合相关法律法规，并获得社保部门的认可。
- 这通常要求母公司与子公司间签订明确的协议，明确双方在社保缴纳、工资发放等方面的权利和义务，同时向员工充分说明安排并取得书面同意。
三、解决建议
规范操作：
- 首选方案是由子公司作为实际用人单位，负责工资发放和社保缴纳，以确保完全合规。
咨询专业意见：
- 在考虑采取非标准安排时，企业应咨询专业的法律顾问或相关部门进行确认和指导，以确保合规性。
建立内部管理制度：
- 企业应建立完善的内部管理制度和流程，确保此种安排的合规性和有效性，包括财务管理、人事管理和社保管理等。
综上所述，“子公司发工资，总公司缴纳社保”的做法在法律上存在一定风险，建议企业根据具体法律环境和实际情况判断其可行性，并确保符合相关法律法规要求，以规避潜在的法律风险和纠纷。在大多数情况下，由实际用人单位（子公司）负责工资发放和社保缴纳是最稳妥的选择。