结论前置：职工与母公司签订劳动合同，在子公司工作且工资由子公司发放，这种操作模式在法律上是可行的，但必须确保各方协商一致，明确约定相关事项，并严格遵守法律法规和税务规定，以充分保障劳动者的权益，避免潜在的法律风险和纠纷。
法律关系分析
劳动合同关系：
- 劳动者与母公司签订劳动合同，表明其人事关系隶属于母公司。这种劳动合同关系在《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规中是被明确认可的。
- 子公司作为独立的法人实体，虽然负责发放工资，但并不改变劳动者与母公司之间的劳动合同关系。
工资发放主体：
- 根据《中华人民共和国公司法》第十三条，子公司具有独立的法人资格，能够依法独立承担民事责任，包括进行工资支付等日常经营活动。因此，子公司作为工资发放主体在法律上是可行的。
需注意的事项及潜在风险
明确书面约定：
- 劳动合同或补充协议中应详细载明工资由子公司发放的具体安排，包括支付标准、周期、方式等。这有助于明确责任，避免纠纷。
- 示例条款：“经双方同意，乙方的工资由甲方（母公司）委托丙方（子公司）按月支付，具体金额为……元。”
责任界定清晰：
- 母公司作为劳动合同的签订主体，需承担用人单位的主要法律责任，包括但不限于工资支付的最终责任。
- 若子公司未按时足额发放工资，劳动者有权向母公司主张权利。母公司支付后，可与子公司进行内部结算。
财务税务合规：
- 子公司在发放工资时，应遵循相关财务制度和税法规定，如准确计算并代扣个人所得税，按时申报缴纳。
- 确保母子公司间的资金往来符合独立交易原则，避免税务风险。
保护劳动者权益：
- 在复杂的主体关系下，应特别注意保护劳动者的知情权、维权途径等。
- 发生劳动争议时，劳动者可能将母公司和子公司列为共同被申请人或被告，要求承担连带责任。因此，需确保劳动者权益不受损害。
管理制度一致：
- 母子公司间应协调劳动关系、薪酬福利等管理制度，避免因不一致而导致员工权益受损或引发劳动争议。
实际操作建议
审查劳动合同：
- 劳动者应仔细审查自己的劳动合同，了解其中的条款特别是关于工资发放和劳动关系管理的部分。
保留相关证据：
- 劳动者应保留相关证据（如工作证、考勤记录、工作邮件、工资发放记录等）以便在发生纠纷时能够清晰证明自己的工作情况和与用人单位的关系。
及时咨询法律专业人士：
- 若劳动者对劳动合同或工资发放安排有任何疑问或不明确之处，建议及时咨询法律专业人士，如律师或法律顾问，以避免潜在的纠纷。
总结：职工与母公司签订劳动合同，在子公司工作且工资由子公司发放，在法律上是可行的。但为了确保各方权益得到妥善维护，必须明确书面约定、清晰界定责任、严格遵守财务税务规定，并特别注意保护劳动者的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。