结论前置：签的是母公司合同但实际一直在子公司上班，这种情况的合法性并非绝对，而是取决于具体的合同安排、实际工作情况以及是否遵循了相关法律法规。在符合法律规定并经过合法程序的前提下，这种安排可以是合法的；但如果未妥善处理，则可能存在法律风险。以下从多个角度进行分析：

合法性的条件及依据

1. 关联公司间的人员调配与合作

   • 法律依据：根据《中华人民共和国公司法》第十三条，公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。在集团化管理或业务协同的背景下，子公司与母公司之间可能存在人员的交叉调配与合作。
   • 实施条件：这种调配必须基于合理的商业目的，且需经过合法程序，如双方协商一致，并签订书面补充协议或变更协议，明确调整工作地点、工作内容等相关事项，同时不损害员工的合法权益。

2. 劳动合同内容的变更

   • 法律依据：依据《中华人民共和国劳动合同法》第三十五条，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容，且应当采用书面形式。
   • 实施要点：若员工与母公司签订劳动合同后，需到子公司工作，应经双方协商一致，并通过书面的补充协议或变更协议明确调整后的工作地点、工作内容、薪资待遇等关键条款。

可能存在的法律风险及问题

1. 劳动法律关系的混淆

   • 风险描述：若无明确的协议或安排，员工在子公司工作可能导致工资支付、社会保险缴纳、福利待遇等方面的不明确或不一致，从而引发劳动纠纷。
   • 防范措施：确保所有与劳动关系相关的事项（如工资待遇、社保缴纳等）都在协议中明确约定，避免产生歧义。

2. 潜在的法律责任问题

   • 风险描述：员工在子公司工作期间若发生工伤、侵权等法律问题，可能会涉及母公司和子公司之间的责任界定问题，导致双方互相推诿责任。
   • 防范措施：在协议中明确双方在员工工作期间的权利、义务和责任，以确保在出现问题时能够迅速解决。

3. 双重劳动关系的风险

   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》，劳动者一般不得同时与其他用人单位建立劳动关系，除非这种双重劳动关系不会对完成本单位的工作任务造成严重影响，并且用人单位没有提出异议。
   • 风险分析：在实际操作中，很难保证在子公司上班不会对母公司的工作任务造成影响，因此这种行为存在被认定为违法双重劳动关系的法律风险。

建议与总结

• 充分协商：如果确实需要在子公司工作，建议首先与母公司和子公司进行充分协商，明确工作关系、职责、权益以及可能的法律责任等事项。
• 书面协议：必要时，可能需要重新签订劳动合同或达成其他书面协议，以确保所有相关方的权益得到妥善保障。
• 遵守法律：无论何种情况，都应严格遵守相关法律法规的规定，确保自己的劳动权益不受损害。

若您在实际操作中遇到此类问题，或有任何疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。