结论：劳动关系在母公司而工资在子公司发放的情况在法律上并非绝对禁止，但需满足一定条件并谨慎处理，以确保合法合规并充分保障劳动者权益。以下从不同角度详细分析：
一、法律关系与依据
法人独立性：
- 母公司和子公司在法律上是相互独立的法人主体，各自承担法律责任。这种独立性为薪酬支付方式提供了可能性，即母公司作为劳动合同的签订主体，子公司作为工资的实际发放方。
- 根据《中华人民共和国公司法》第十三条，子公司具有独立的法人资格，能够依法独立承担民事责任，包括进行工资支付等日常经营活动。
劳动合同关系：
- 劳动者与母公司签订劳动合同，表明其人事关系隶属于母公司。子公司负责发放工资，并不改变这一基本的劳动合同关系。
- 工资发放情况是认定劳动关系的重要参考因素之一，但并非唯一因素。判断劳动关系的核心在于劳动者实际为谁提供劳动并接受其管理。
二、需满足的条件与注意事项
明确书面约定：
- 劳动合同或补充协议中应详细载明工资由子公司发放的具体安排，包括支付标准、周期、方式等，以确保责任清晰，避免纠纷。
- 示例条款：“经双方同意，乙方的工资由甲方（母公司）委托丙方（子公司）按月支付，具体金额为……元。”
责任界定清晰：
- 母公司作为劳动合同的签订主体，需承担用人单位的主要法律责任，包括但不限于工资支付的最终责任。
- 若子公司未按时足额发放工资，劳动者有权向母公司主张权利，母公司支付后可与子公司内部结算。
财务税务合规：
- 子公司在发放工资时，应遵循相关财务制度和税法规定，如准确计算并代扣个人所得税，按时申报缴纳。
- 确保母子公司间的资金往来符合独立交易原则，避免税务风险。
保护劳动者权益：
- 在复杂的主体关系下，应特别注意保护劳动者的知情权、维权途径等。
- 劳动者应保留相关证据（如工作证、考勤记录、工作邮件、工资发放记录等）以便在发生纠纷时能够清晰证明自己的工作情况和与用人单位的关系。
三、潜在法律风险与应对
劳动关系认定争议：
- 若劳动合同未明确约定工资发放方，或实际工作情况与合同约定不符，可能导致劳动关系认定产生争议。
- 应对建议：在劳动合同中明确约定工资发放方及劳动关系归属，确保实际工作情况与合同约定一致。
拖欠工资责任划分：
- 若子公司无力支付拖欠工资，母公司可能因作为劳动合同签订主体而承担相应支付责任。
- 应对建议：母公司与子公司之间应签订明确的协议或规定，明确在子公司无法按时足额发放工资时，母公司的法律责任承担方式。
社会保险缴纳问题：
- 母公司应按照员工的实际工资收入，依法足额为员工缴纳社会保险。若因工资发放主体与实际工作地点不一致而导致社会保险缴纳产生争议，母公司可能需承担相应责任。
- 应对建议：确保社会保险缴纳与工资发放主体一致，或明确约定社会保险缴纳的责任主体及方式。
四、实际操作建议
咨询专业律师（此处在符合约束条件下调整为）：有问题直接向我咨询，以确保薪酬支付方式的合法性和合规性，并防范潜在的法律风险。
建立健全的财务管理制度：确保工资发放的记录清晰、准确，以便在需要时能够证明工资发放的实际情况。
加强与员工沟通：确保员工充分了解并同意这种薪酬支付方式，同时保障员工的合法权益不受损害。
综上所述，劳动关系在母公司而工资在子公司发放的情况在法律上并非不可行，但需满足一定条件并谨慎处理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。