结论前置：员工的薪资由母公司和子公司共同发放，而劳动关系仍在母公司的情况下，这种安排本身并不直接违反法律规定，但可能带来一些法律风险和责任划分上的复杂性。劳动关系的认定及法律责任需根据实际情况、合同约定及母子公司间的特殊安排综合判断。
劳动关系认定
合同约定优先：
- 若劳动合同明确约定员工与母公司建立劳动关系，且被派至子公司工作，则员工视为母公司的员工，劳动关系归属于母公司。这种情况下，母公司发放工资（或部分工资）是合理的，但子公司作为实际使用劳动力的一方，其角色和责任需通过合同或协议进一步明确。
实际工作情况：
- 若员工虽在子公司工作，但受母公司直接管理，且劳动合同、社保缴纳等均由母公司负责，则劳动关系仍应归属于母公司。子公司在此情况下可能作为母公司的业务延伸或分支机构存在。
特殊安排：
- 若母公司与子公司之间存在人员借调、共享等特殊安排，并有明确的书面协议约定劳动关系的归属及权利义务分配，且员工知晓并同意该安排，则劳动关系的认定应依据协议内容确定。这种情况下，工资由母公司和子公司共同发放可能是协议的一部分。
法律风险与责任划分
工资发放与劳动关系不一致的风险：
- 工资由母公司和子公司共同发放可能导致在劳动纠纷中责任主体认定产生争议。例如，若子公司未按时支付其应承担的工资部分，员工可能同时向母公司和子公司主张权利，增加纠纷解决的复杂性。
社会保险与福利待遇：
- 无论劳动关系归属于母公司还是子公司，员工的社会保险和福利待遇均应得到保障。若因工资发放主体与实际工作地点不一致而导致社会保险缴纳、福利待遇享受等方面出现问题，责任应由实际承担用人单位法定义务的一方承担。
母公司与子公司的连带责任：
- 在某些情况下，如子公司无力支付拖欠工资或违反劳动法律法规时，母公司可能因发放工资等行为而需承担补充责任或连带责任。具体责任需根据案件实际情况和法律规定判定。
劳动者权益保障建议
明确合同条款：
- 员工应仔细阅读劳动合同，了解其中的条款特别是关于工资发放、劳动关系管理、社会保险缴纳等方面的约定。如有任何疑问或不明确之处，应及时向母公司或子公司人力资源部门咨询并要求解释。
保留相关证据：
- 员工应保留与工作相关的所有证据，包括但不限于工作证、考勤记录、工作邮件、工资发放记录、社会保险缴纳证明等。这些证据在发生纠纷时将有助于证明自己的工作情况和与用人单位的关系。
及时维权：
- 若员工发现自己的合法权益受到侵害（如拖欠工资、未缴纳社会保险等），应及时向母公司或子公司提出异议并要求解决。若问题无法得到妥善解决，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以维护自己的合法权益。
母公司和子公司的法律责任
母公司责任：
- 若劳动关系归属于母公司，则母公司需全面承担用人单位的法定义务，包括依法缴纳社会保险、提供劳动保护、支付劳动报酬等。同时，母公司还需对子公司的用工行为进行监督和管理，确保子公司的用工行为符合法律法规要求。
子公司责任：
- 若子公司作为实际使用劳动力的一方被认定为劳动关系主体（尽管这种情况较少见），则子公司需承担用人单位的各项法定义务。若子公司未履行相关义务导致员工权益受损，子公司需承担相应的法律责任。
总结：员工的薪资由母公司和子公司共同发放而劳动关系仍在母公司的情况下，这种安排需谨慎处理以避免潜在的法律风险。员工应明确自己的劳动关系归属并保留相关证据以维护自己的合法权益；母公司和子公司则需明确各自的责任和义务并加强沟通协作以确保用工行为的合法性和合规性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。