结论：在子公司工作但与母公司签订劳务合同，并由母公司发放工资，这种操作模式在法律上是可行的，但必须确保各方协商一致，明确约定相关事项，并严格遵守法律法规和税务规定，以充分保障劳动者的权益，避免潜在的法律风险和纠纷。
法律关系与依据
法律关系明确：
- 劳动者与母公司签订劳务合同，表明其人事关系隶属于母公司。子公司作为实际工作场所，并不改变这一基本的劳务合同关系。这种操作模式在《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规中并未被明确禁止。
法人资格独立：
- 根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，子公司具有独立的法人资格，能够依法独立承担民事责任，包括进行工资支付等日常经营活动。这为母公司与子公司之间在薪酬方面的灵活安排提供了法律基础。
需注意的事项及潜在风险
明确书面约定：
- 劳务合同或补充协议中应详细载明工资由母公司发放的具体安排，包括支付标准、周期、方式等，以确保责任清晰，避免纠纷。例如，可以约定：“经双方同意，乙方的工资由甲方（母公司）按月支付，具体金额为……元，由甲方委托丙方（子公司）进行实际发放。”
责任界定清晰：
- 母公司作为劳务合同的签订主体，需承担用人单位的主要法律责任，包括但不限于工资支付的最终责任。若子公司未按时足额发放工资，劳动者有权向母公司主张权利，母公司支付后可与子公司内部结算。
财务税务合规：
- 母公司在发放工资时（或委托子公司发放时），应遵循相关财务制度和税法规定，如准确计算并代扣个人所得税，按时申报缴纳。同时，确保母子公司间的资金往来符合独立交易原则，避免税务风险。
保护劳动者权益：
- 在复杂的主体关系下，应特别注意保护劳动者的知情权、维权途径等。劳动者应了解并同意这种薪酬支付方式，并确保其合法权益不受损害，如工资按时足额发放、社会保险依法缴纳等。
管理制度一致：
- 母子公司间应协调劳动关系、薪酬福利等管理制度，避免因不一致而导致员工权益受损或引发劳动争议。例如，可以制定统一的薪酬管理制度，明确工资发放的主体、方式、时间等。
实际操作建议
- 签订详细协议：在劳务合同或补充协议中明确约定工资发放的主体、方式、时间等关键条款，以确保各方权益得到保障。
- 加强沟通协调：母子公司间应加强沟通协调，确保薪酬支付方式的顺利实施，并及时解决可能出现的问题。
- 定期审查合规：定期对薪酬支付方式进行内部审查和外部审计，确保其合规性和有效性。
法律后果
若未按照上述建议进行操作，可能面临以下法律后果：
- 劳动争议：因工资发放主体与实际工作地点不一致，可能导致在劳动纠纷中责任主体认定产生争议，增加劳动争议的风险。
- 税务风险：若未按照税法规定进行申报和缴纳税款，可能面临税务处罚和法律责任。
- 法律责任承担：若子公司无法按时足额发放工资，母公司可能需承担相应的法律责任，包括支付拖欠工资、经济补偿等。
综上所述，虽然与母公司签订劳务合同并在子公司工作、由母公司发放工资在法律上是可行的，但必须谨慎处理，确保各方协商一致，明确约定相关事项，并严格遵守法律法规和税务规定。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。