子公司代发母公司人员工资，在符合相关法律法规、确保员工权益不受损害，并签订明确协议的前提下，是合法的。不过，这一行为需要谨慎操作，以避免潜在的法律和财务风险。下面我将从多个角度为你详细分析：

合法性依据

1. 民事自治原则：子公司与母公司作为两个独立的民事主体，有权基于自愿、公平、等价有偿、诚实信用原则达成代发工资的协议。此类协议在合同层面是合法有效的。
2. 公司法规定：子公司是具有法人资格的独立法律实体，可以依法独立进行财务活动，包括代发工资。
3. 劳动法律法规：劳动法律法规主要关注的是劳动者工资的按时足额发放。只要工资能够准确、及时地发放到劳动者手中，代发主体的身份通常不影响劳动者权益的实现，也不违反劳动法律法规的强制性规定。

合法性条件与操作要求

1. 双方同意与协议支持：代发工资的行为必须得到母公司和子公司双方的明确同意，并有清晰且合法的书面协议作为支撑，明确双方的权利义务，比如代发工资的范围、标准、方式、时间，以及因代发工资产生问题的责任承担等内容。
2. 税务合规：
   • 个人所得税：需按照“工资、薪金所得”项目预扣预缴个人所得税，并准确核算员工收入及扣除项目，履行代扣代缴义务。
   • 企业所得税：支付给员工的合理工资薪金支出，可在计算企业所得税应纳税所得额时扣除。而代发的工资若不属于母公司自身成本费用范畴，则不能在母公司企业所得税前扣除。
3. 保障员工权益：代发工资过程应透明、公正，确保员工的社保、住房公积金等权益得到及时、全额的支付和缴纳。社保缴纳基数等应依据与员工的工资约定及相关规定确定，不因代发工资而改变缴纳主体和责任。

潜在风险与防范措施

1. 劳动关系认定风险：需防范因代发工资而导致的劳动关系误判。为此，应确保劳动者的实际工作地点、管理关系等与母公司保持一致，避免混淆因素。同时，应明确告知员工工资是由子公司代发，以避免员工产生误解。
2. 税务风险：应建立严格的税务管理制度，确保代发工资的税务处理符合国家规定，避免因税务问题而引发的法律风险。比如，子公司需正常计提工资费用，并在账务处理上借记“管理费用”“销售费用”等成本费用科目，贷记“应付职工薪酬”；当母公司代发工资后，子公司借记“应付职工薪酬”，贷记“其他应付款 - 母公司”。母公司代发工资时，借记“其他应收款 - 子公司”，贷记“银行存款”。
3. 财务风险：母公司和子公司应建立清晰的财务往来记录和结算机制，确保双方财务数据真实、准确，避免财务数据混乱。比如，加强子公司人力资源部门与母公司财务部门的沟通，确保子公司及时、准确地向母公司提供工资发放明细，包括员工姓名、工资数额、扣除项目等信息。同时，双方应保存好相关记录和凭证，以备后续查询和审计。

在实际操作中，我建议你根据公司的具体情况，制定详细的代发工资方案，并咨询我以获取更具体的法律建议。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。