集团公司代发工资是合法的，但前提是必须符合相关法律法规的规定。以下是对这一问题的详细分析：
合法委托协议：集团公司若代发工资，首先需要与用工单位之间签订合法有效的委托代发工资协议。这份协议应明确双方的权利和义务，包括代发工资的金额、方式、时间以及保密条款等。这样的协议能够确保代发工资行为的合法性和规范性。
遵守劳动法规和税务规定：在代发工资过程中，集团公司必须严格遵守劳动法律法规和税务规定。这包括准确核算工资数额，并依法代扣代缴员工的个人所得税、社会保险费等。只有确保所有操作都符合法律要求，代发工资行为才能被视为合法。
避免非法活动：代发工资不能被用于逃避监管、税务违规或洗钱等非法活动。如果代发工资涉及这些非法行为，那么这一行为将被视为违法。因此，集团公司在代发工资时，必须确保资金的合法来源和用途，避免涉及任何非法活动。
举例来说，如果一家集团公司因为其下属子公司众多，为了统一财务管理和提高工资发放效率，选择由集团公司统一代发工资，并且签订了合法的委托协议，遵守了劳动法规和税务规定，那么这种代发工资行为就是合法的。
然而，如果集团公司代发工资是为了帮助用工单位逃避劳动监管，如隐瞒真实的劳动关系、规避最低工资标准等，或者存在税务违规、洗钱等非法活动，那么这种代发工资行为就是违法的。
综上所述，集团公司代发工资的合法性取决于是否签订了合法的委托协议、是否遵守了劳动法规和税务规定以及是否避免了非法活动。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。