结论：员工与分公司还是总公司存在劳动关系，主要取决于分公司的法律地位和经营资格。具体来说：

1. 分公司依法取得营业执照或登记证书的情况

   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第四条，分公司如果已经依法取得营业执照或者登记证书，那么它可以作为独立的用人单位，具备与劳动者签订劳动合同的资格。
   • 实际表现：在这种情况下，分公司会以自己的名义进行员工招聘、管理，并独立开展业务活动。员工直接受分公司管理，完成分公司安排的工作任务，并由分公司发放工资。因此，员工与分公司之间形成了明确的劳动关系。但需要注意的是，由于分公司不具备独立的法人资格，其民事责任最终仍由总公司承担。

2. 分公司未依法取得营业执照或登记证书的情况

   • 法律依据：若分公司未依法取得营业执照或登记证书，则它不具备独立的用工主体资格。此时，分公司不能独立与劳动者签订劳动合同，而是需要受总公司的委托才能与劳动者订立劳动合同。
   • 实际关系：在这种情况下，尽管员工可能在分公司工作，但实际的用人单位是总公司。员工的招聘、管理、工资发放等均由总公司负责，因此员工与总公司之间存在劳动关系。若员工权益受到侵害，应由总公司承担相应责任。

法律责任与争议解决：

• 法律责任：无论分公司是否具备独立的用工主体资格，其在法律上的地位和责任仍然归属于总公司。这意味着，如果分公司无法履行其作为用人单位的义务，总公司需要承担相应的法律责任。
• 争议解决：在劳动争议仲裁中，如果员工与分公司签订了劳动合同但发生纠纷，员工可以将分公司和总公司一起列为被申请人，要求总公司对具有支付内容的仲裁请求承担补充清偿责任。这确保了员工的合法权益得到有效保障。

建议：

• 在与分公司或总公司签订劳动合同时，劳动者应仔细核实对方的法律地位和经营资格，明确用人单位是分公司还是总公司。
• 了解相应的法律责任承担情况，以确保自己的合法权益不受损害。例如，可以要求查看分公司的营业执照或登记证书，或者向总公司咨询相关情况。
• 如遇劳动争议，应及时寻求法律援助，通过合法途径维护自己的权益。可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或者向人民法院提起诉讼。

举例说明：

假设某大型连锁超市设立了一个分公司，并依法取得了营业执照。该分公司以自己的名义招聘了员工张三，并与其签订了劳动合同。张三在分公司工作期间，受分公司管理，完成分公司安排的工作任务，并由分公司发放工资。在这种情况下，张三与分公司之间形成了明确的劳动关系。但如果该分公司未依法取得营业执照或登记证书，那么张三实际上是与总公司建立了劳动关系，尽管他可能在分公司工作。

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