结论：总公司签了三年劳动合同到期后，公司用分公司与员工签订新合同，这一行为是否合法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。

分析：

1. 合同主体的变更：

   • 劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。在劳动合同中，用人单位是一个明确的法律主体。
   • 当总公司与员工签订的劳动合同到期后，如果公司决定用分公司与员工签订新合同，这实际上涉及到了合同主体的变更。这种变更需要得到员工的同意，因为劳动合同的签订是双方自愿的行为。

2. 分公司的法律地位：

   • 分公司是总公司的分支机构，不具有独立的法人资格。它通常是在总公司的授权范围内进行经营活动，其民事责任由总公司承担。
   • 如果分公司有总公司的明确授权，且该授权涵盖了与员工签订劳动合同的事项，那么分公司与员工签订劳动合同在法律上是可行的。但前提是，这种变更必须得到员工的同意，并且不违反相关法律法规的规定。

3. 员工的同意与权益保障：

   • 根据《劳动合同法》的相关规定，劳动合同的变更应当遵循平等自愿、协商一致的原则。因此，如果公司希望用分公司与员工签订新合同，必须得到员工的明确同意。
   • 同时，公司应当确保员工的合法权益不受损害。例如，新合同的条款应当与原合同相当或更有利，不得降低员工的工资、福利等待遇。

4. 可能的法律后果：

   • 如果公司未经员工同意，擅自用分公司与员工签订新合同，或者新合同的条款对员工不利，员工有权拒绝签订，并可以要求公司继续履行原合同或承担相应的法律责任。
   • 如果公司违反了相关法律法规的规定，还可能面临劳动行政部门的处罚。

建议：

• 对于公司而言，如果希望用分公司与员工签订新合同，应当事先与员工进行充分沟通，确保得到员工的同意，并确保新合同的条款合法、合理。
• 对于员工而言，如果公司提出用分公司签订新合同，应当仔细审查新合同的条款，确保自己的合法权益不受损害。如有任何疑问或不满，应当及时与公司沟通或寻求法律帮助。

特殊情况说明：

• 如果总公司与分公司之间存在明确的内部协议或授权文件，且该协议或文件明确规定了分公司可以代表总公司与员工签订劳动合同，那么在这种情况下，分公司与员工签订劳动合同可能是合法的。但即便如此，也必须确保员工的同意和权益保障。

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