结论前置：
- 在分公司有员工且支付应税所得的情况下，若分公司独立核算，则通常需在当地申报个人所得税；若由总公司统一核算并支付薪资，则可能由总公司申报。
- 若分公司无员工或未支付应税所得，则无需申报个人所得税，但仍需遵守相关税收法规。
详细分析：
在探讨分公司是否都在总公司报个人所得税的合法性问题时，我们首先要明确的是，个人所得税的申报义务主要取决于两个因素：一是分公司是否向员工支付了应税所得，二是分公司的财务管理模式以及当地税务机关的具体规定。
一、分公司有员工且支付应税所得的情况
分公司独立核算：
- 如果分公司是独立核算的非法人机构，且有自己的财务和人事管理系统，那么它通常需要按照税法规定，单独向当地税务机关进行纳税申报，包括代扣代缴员工的个人所得税。这是因为分公司作为支付所得的单位，有义务成为扣缴义务人，并履行相应的申报和缴纳义务。
总公司统一核算：
- 在某些情况下，分公司的人员工资等薪酬核算可能全部由总公司负责，人员的劳动关系也在总公司，且工资由总公司直接发放。此时，如果经过税务机关的同意，分公司的个人所得税申报可以由总公司统一进行。这种情况下，分公司无需单独申报个人所得税，而是由总公司作为扣缴义务人进行申报和缴纳。
二、分公司无员工或未支付应税所得的情况
- 如果分公司没有雇佣任何员工，或者虽然雇佣了员工但并未支付应税所得（如未发放工资、奖金等），那么分公司自然无需进行个人所得税的申报。然而，即使在这种情况下，分公司仍需遵守相关的税收法规，如进行零申报（如果当地税务机关有此要求）或配合总公司的税务管理工作。
三、地区差异与税务合规
- 不同地区的税务机关对于分公司的税务处理可能存在差异。因此，在实际操作中，分公司应咨询当地税务机关或直接向我咨询，以确保符合当地的税收政策和法规要求。这有助于避免潜在的税务风险，如因未按规定申报而面临的罚款或滞纳金等。
四、法律建议与后续行动
- 对于分公司而言，最重要的是明确自身的财务管理模式和与总公司的关系，以及当地税务机关的具体规定。这有助于确定分公司是否需要单独申报个人所得税，以及如何履行相应的申报和缴纳义务。
- 如果分公司对税务处理存在疑问或不确定，建议及时咨询当地税务机关或直接向我寻求法律帮助。我可以根据分公司的具体情况和当地税务机关的要求，提供针对性的法律建议和解决方案。
可能法律后果的提醒：
- 如果分公司未按规定申报个人所得税，可能会面临税务机关的罚款、滞纳金等处罚。这不仅会影响分公司的财务状况，还可能对分公司的声誉和信誉造成负面影响。因此，分公司应高度重视税务合规问题，确保按时、准确地履行申报和缴纳义务。
综上所述，分公司是否都在总公司报个人所得税的合法性问题，需要根据分公司的具体情况、财务管理模式以及当地税务机关的规定来综合判断。在实际操作中，分公司应咨询当地税务机关或直接向我咨询，以确保税务处理的合规性和准确性。