两家公司同时为一个员工申报个税是合法的，但员工需要自行合并申报并缴纳税款。

一. 合法性分析

1. 法律依据：根据《中华人民共和国个人所得税法》第十三条，非居民个人在中国境内从两处以上取得工资、薪金所得的，应当在取得所得的次月十五日内申报纳税。这一条款说明，对于非居民个人，从两处以上取得工资、薪金所得是允许并需要自行申报纳税的。对于居民个人，虽然法条未直接提及，但实际情况中，居民个人也可能因兼职、换工作等原因在两家公司同时取得收入，此时同样需要依法申报纳税。
2. 申报责任：两家公司作为扣缴义务人，分别根据员工在本公司的收入进行个税申报是合法的。但员工本人需意识到，自己负有合并两处及以上收入进行个税年度汇算清缴的责任。

二. 税务处理建议

1. 自行合并申报：员工应在年度终了后，通过个人所得税APP或税务局网站等渠道，将两家公司发放的工资、薪金所得合并，进行年度汇算清缴。根据综合所得的超额累进税率，计算应缴纳的税款。
2. 避免重复缴税或漏税：在合并申报时，员工需仔细核对两处收入的明细，确保不重复计税，同时也不遗漏任何应税所得。如已有一家公司代扣代缴了个税，员工在年度汇算时需相应调整，避免重复缴税。

三. 实际案例

• 例如，张先生同时在A公司和B公司任职，A公司每月为其发放工资并代扣代缴个税。后来，张先生又接受了B公司的兼职工作，B公司也为其发放了工资并代扣代缴了个税。在这种情况下，张先生需要在年度终了后，将A公司和B公司发放的工资合并，进行个税年度汇算清缴。

我建议您及时关注个人所得税APP或税务局的相关通知，确保按时完成年度汇算清缴工作。如有进一步需要，您可以继续咨询我。