结论：签合同是总公司，但个税由分公司缴纳，这种安排在法律上是否合法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、合同签订主体与纳税主体的关系
- 合同签订主体：合同是总公司签订的，意味着总公司是合同的一方当事人，享有合同权利并承担合同义务。
- 纳税主体：个税的纳税主体通常是实际支付所得的个人或单位。在分公司与总公司之间，如果分公司是实际支付工资薪金等所得的单位，那么分公司可能成为个税的扣缴义务人。
二、合法性分析
合法情形：
- 内部财务安排：总公司与分公司之间可能存在内部的财务或税务安排，例如，总公司统一签订合同，但分公司负责实际支付工资薪金，并代扣代缴个税。这种安排在内部管理上是可行的，但需确保符合税法规定，如及时、足额代扣代缴个税。
- 税务合规性：只要分公司作为扣缴义务人，按照税法规定履行了代扣代缴义务，且总公司与分公司之间的财务、税务处理符合相关法律法规，这种安排就是合法的。
不合法情形：
- 逃避税务义务：如果总公司与分公司之间的安排是为了逃避税务义务，例如，通过分公司转移收入以减少总公司的应税所得，从而降低个税负担，这种安排就是违法的。
- 未履行代扣代缴义务：如果分公司作为扣缴义务人，未按照税法规定履行代扣代缴义务，如未及时、足额代扣代缴个税，那么这种安排也是违法的。
三、法律建议
- 明确合同条款：在签订合同时，应明确约定合同权利义务的承担方以及个税的缴纳方式，以避免后续争议。
- 遵守税法规定：总公司与分公司应严格遵守税法规定，确保个税的代扣代缴义务得到履行，避免税务风险。
- 咨询专业税务人士：对于复杂的税务安排，建议咨询专业税务人士或律师，以确保税务处理的合规性。
四、可能后果
- 税务处罚：如果分公司未按照税法规定履行代扣代缴义务，可能面临税务机关的处罚，包括罚款、滞纳金等。
- 合同纠纷：如果合同条款不明确或存在争议，可能导致总公司与分公司之间的合同纠纷，影响双方的合作关系。
总结：签合同是总公司，但个税由分公司缴纳，这种安排在法律上是否合法需根据具体情况判断。为确保合法合规，建议明确合同条款、遵守税法规定，并在必要时咨询专业税务人士或律师。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。