核心结论：总公司签订合同但由分公司收款，在税法上主要涉及增值税和企业所得税的处理，需根据具体业务模式和税法规定来确定税务处理方式，一般情况下，若分公司为独立核算主体，可能需就收款部分在分公司所在地缴纳增值税；企业所得税方面，通常由总公司汇总纳税，但需符合相关条件并履行备案手续。以下为详细分析：

1. 增值税处理：

   • 独立核算分公司：若分公司为独立核算的增值税纳税人，其收取的款项可能被视为销售货物或提供劳务的收入，需在分公司所在地申报缴纳增值税。此时，分公司应开具增值税发票，并按照规定的税率或征收率计算缴纳税款。
   • 非独立核算分公司：若分公司为非独立核算单位，其收款行为可能被视为总公司的收款行为，增值税的纳税义务仍由总公司承担。但实际操作中，需根据税务机关的具体要求和业务实质来判断。
   • 特殊规定：对于某些特定业务，如跨地区经营的总分支机构，可能存在增值税的预缴或汇总缴纳等特殊规定。此时，需按照相关税法规定执行。

2. 企业所得税处理：

   • 汇总纳税：根据企业所得税法规定，居民企业在中国境内设立不具有法人资格的营业机构的，应当汇总计算并缴纳企业所得税。因此，若分公司为不具有法人资格的营业机构，其收入、成本、费用等应并入总公司汇总计算企业所得税。
   • 独立纳税：若分公司为具有法人资格的子公司（虽用户问题中提及的是分公司，但此处为全面性考虑），则其应作为独立纳税人，就其全部所得缴纳企业所得税。但此情况与用户问题中的“分公司”不符，故仅作参考。
   • 备案手续：对于汇总纳税的总分支机构，需按照税法规定履行备案手续，包括向税务机关报送相关报表和资料等。未履行备案手续的，可能影响其汇总纳税的资格。

3. 其他税务考虑：

   • 发票开具：无论增值税的纳税义务由总公司还是分公司承担，都需确保发票的开具符合税法规定。即，收款方应开具与实际业务相符的发票，并确保发票的真实性、合法性和有效性。
   • 税务合规：总公司和分公司应共同遵守税法规定，确保税务处理的合规性。对于涉及跨地区经营的总分支机构，还需关注地方税务政策的差异和协调问题。

建议：在实际操作中，总公司和分公司应明确各自的税务责任和义务，确保税务处理的合规性。对于复杂的税务问题，建议咨询专业税务机构或向我直接咨询，以获取更准确的税务指导和建议。