总公司签合同，分公司开票收款在一定条件下是合法的，但需满足一系列法律与税务上的要求。以下是对此问题的详细分析：
一、合法性的核心条件
公司法的支持：
- 根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，分公司不具有法人资格，其民事责任由总公司承担。但分公司可以在总公司的授权范围内开展业务活动，包括开具发票。这为分公司代总公司开票提供了法律基础。
税法的合规性：
- 《中华人民共和国发票管理办法》规定，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项的，收款方应当向付款方开具发票。这表明，只要分公司实际参与了合同对应的业务并收取了款项，其开具发票的行为在法律上是被允许的。
- 税法并未严格禁止总公司签合同、分公司开票的操作模式，但要求业务真实、发票与实际交易相符。
内部授权与统一核算：
- 总公司必须向分公司出具明确的内部授权，授权分公司负责合同业务中的发票开具等相关事宜。
- 分公司应实际提供与合同相关的货物或服务，并确保业务的真实性。
- 总公司与分公司之间应实行统一核算，或至少确保税务处理的合规性。
税务合规与申报：
- 分公司开具发票后，需按照税收法规的要求进行纳税申报和缴纳税款，确保税收征管流程的合规性。
- 无论分公司是独立核算还是非独立核算，其纳税义务都应得到妥善处理，避免偷税漏税等违法行为。
二、可以开票收款的具体情况
存在内部授权且符合税务规定：
- 总公司明确授权分公司代为履行合同相关的收款及开票义务。
- 分公司在税务机关依法办理税务登记，具备独立开具发票的资格。
- 举例：如甲建筑总公司签订工程合同，并授权具备开票资格的A分公司负责收款及开票事宜。
构成实质性的合同履行主体：
- 虽然合同以总公司名义签订，但实际履行合同的主体是分公司。
- 分公司在业务实质上提供了货物、劳务或服务等。
- 举例：如乙总公司签订软件开发合同，而实际开发工作全部由其下设的B分公司完成，B分公司可作为实际履行主体进行开票收款。
三方合同安排：
- 在甲方不同意与分公司直接签订合同或不同意将资金汇入分公司账户的情况下，可签订三方合同。
- 三方合同约定由分公司执行合同，并由分公司开具发票并办理财务结算。
三、不可以开票收款的情况
无授权且分公司无独立开票资格：
- 总公司未授权分公司收款开票。
- 分公司未在税务机关办理税务登记，不具备独立开票能力。
- 举例：如丙总公司签订销售合同，其下设的C分公司仅为辅助性办事机构，无法进行开票收款。
与合同约定不符：
- 合同中明确约定了收款及开票主体为总公司。
- 没有相关变更或补充约定允许分公司进行操作。
- 举例：如丁总公司与客户签订的采购合同中明确写明由总公司负责开具发票和收取货款，分公司不能擅自开票收款。
四、法律风险与注意事项
- 业务不真实的风险：如果合同签订与实际业务不匹配，或分公司未实际参与合同对应的业务而纯粹为了开票而开票，将构成虚开发票行为，面临严重的法律后果。
- 税务处理不当的风险：若总公司和分公司在税务处理上没有按照规定进行，可能导致纳税申报不准确，进而面临税务机关的处罚。
- 合同纠纷与税务风险：为确保安全合规，企业应确保相关手续齐全、合规，避免出现法律问题。同时，应尽量做到合同、发票、资金三流一致，以降低税务风险。
五、操作建议
- 明确合同条款：在合同中明确约定由分公司提供服务或产品，并由分公司开具发票收款。确保合同条款清晰、明确，避免产生歧义或纠纷。
- 加强内部沟通与管理：总公司应加强对分公司的管理和监督，确保分公司按照合同约定和税务规定进行操作。建立完善的内部审批流程和信息共享机制，确保总公司对分公司的业务情况有充分的了解和控制。
- 遵守税务法规：分公司应严格遵守税务法规，确保发票的开具和税款的缴纳合法合规。如遇税务问题或疑问，应及时咨询并获取我的专业意见。
综上所述，总公司签合同分公司开票收款在一定条件下是合法的，但需满足公司法、税法及相关行政法规的严格要求。企业在实际操作中应谨慎行事，确保业务的真实性、发票的合规性以及税务处理的正确性，以规避潜在的法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。