总公司委托分公司收款并开票，在符合一定条件和遵循相关法律法规及税务规定的前提下，是合法的。以下是对此问题的详细解答：
一、合法性基础
公司法规定：
- 分公司作为总公司的分支机构，若已依法设立并领取营业执照，则具备在总公司授权范围内从事经营活动的资格，这包括收款和开票。
- 若分公司仅为总公司的内设机构或办事处，无独立法人资格和经营许可，则不具备直接收款和开票的权利。
税法规定：
- 税收管理中强调发票的开具应与实际的交易活动、款项支付等保持一致，即“三流合一”。
- 总公司与分公司之间的收款和开票行为必须符合税务机关的管理要求，确保合规性。
二、具体操作要点
收款方面：
- 总公司应出具书面委托，明确授权分公司代为收取款项，并详细规定委托收款的范围、期限等关键事项。
- 分公司在收款时，应确保款项最终归属总公司，且收款行为严格在总公司授权范围内进行。
开票方面：
- 增值税发票：若分公司与总公司位于同一县（市）且统一核算，分公司可以总公司名义开具发票。若不在同一县（市），则需符合相关增值税规定，双方应分别向各自所在地主管税务机关申报纳税。分公司开票必须基于真实的业务基础，并确保发票内容与实际业务相符。
- 其他发票：分公司开具其他类型发票（如普通发票）时，同样需基于真实发生的、与总公司相关的经济业务，并按照发票管理办法等规定进行开具和管理。
三、风险及防控措施
税务风险：
- 必须确保收款和开票行为符合税务规定，避免被税务机关认定为虚开发票。
- 应妥善保留相关业务合同、资金往来凭证、货物运输单据等资料，以证明业务的真实性。
- 如违反税务规定，可能面临税务行政处罚，情节严重的还可能涉及刑事犯罪。
法律文件完备性：
- 总公司与分公司之间的委托协议等法律文件应完备，明确双方权利义务。
- 在涉及第三方（如客户）时，应提供委托收款开票的相关证明文件，避免引起误解或不必要的法律纠纷。
内部控制与风险管理：
- 总公司应建立完善的内部控制和风险管理机制，确保分公司收款和开票行为的合规性。
- 分公司应定期向总公司报告收款和开票情况，接受总公司的监督和指导。
四、结论与建议
总公司委托分公司收款并开票在一定条件下是合法的，但具体实施时需综合考虑公司法、税法等多个方面的规定和要求。为确保合规性，建议企业在实施前咨询专业的法律或税务顾问，对具体的业务模式、合同条款等进行详细的审查和评估。同时，企业应建立健全的内部管理制度，加强沟通与协作，确保收款和开票行为的真实性和合规性，以降低潜在的法律和税务风险。