结论：分公司对总公司办款是否需要开票以及是否合法，需根据款项性质、业务实质及税法规定综合判断，具体分析如下：
一、是否需要开票？
若款项属于“销售货物、提供劳务等增值税应税行为”
根据《增值税暂行条例》及实施细则，分公司作为独立核算的纳税主体（或非独立核算但需按税法规定申报纳税的分支机构），若向总公司提供货物销售、劳务服务等应税行为，必须开具增值税发票。例如：
- 分公司向总公司销售原材料、设备等货物；
- 分公司为总公司提供运输、维修、咨询等劳务服务。
依据：增值税的纳税义务发生时间为收讫销售款项或取得索取销售款项凭据的当天，开具发票是法定义务（《发票管理办法》第十九条）。
若款项属于“非应税行为”或“内部资金往来”
- 非应税行为：如分公司向总公司分配利润、归还借款等，不属于增值税应税范围，无需开具发票，但需保留资金划转凭证（如银行回单、内部审批文件）作为财务核算依据。
- 内部资金往来：若分公司与总公司之间为资金调拨（如总公司向分公司拨款用于经营），且未伴随货物或劳务交易，属于企业内部资金管理行为，无需开票，但需符合公司财务制度及税务机关对资金往来的合理性审查要求。
二、是否合法？
合法情形
- 符合税法规定：分公司按应税行为开具发票，或对非应税行为、内部资金往来不开票，均符合《增值税暂行条例》《发票管理办法》等规定，合法有效。
- 符合公司法及财务制度：分公司与总公司的资金往来需符合《公司法》关于关联交易的规定（如公平定价、程序合规），且内部财务核算清晰，避免被认定为“利用关联交易逃避纳税义务”。
违法风险
- 应开票未开票：若分公司对总公司的应税行为未开具发票，可能面临税务机关责令改正、罚款（最高1万元）及补缴税款、滞纳金的风险（《发票管理办法》第三十五条）。
- 虚开发票：若分公司与总公司无实际交易而开具发票（如为调节利润、套取资金），可能构成虚开发票罪，承担刑事责任（《刑法》第二百零五条）。
- 资金往来不合规：若分公司与总公司的资金往来缺乏合理商业目的（如无偿占用资金、转移利润），可能被税务机关调整应纳税所得额，补缴企业所得税。
三、实务建议
- 明确款项性质：分公司与总公司应签订书面合同或协议，明确款项用途（如采购、借款、分红等），避免税务争议。
- 规范财务核算：对内部资金往来，建议通过“其他应收款”“其他应付款”等科目核算，并保留资金划转凭证；对应税行为，需按税法规定开具发票并申报纳税。
- 定期税务自查：建议每季度对分公司与总公司的资金往来及发票开具情况进行自查，确保符合税法及公司制度要求。
如有进一步疑问，可直接向我咨询，我将结合具体业务场景提供详细解答。