销售方给分公司开票而总公司付款，这种操作在符合一定条件下是合法的。以下从不同角度为您详细分析：

一、发票开具与收款主体的法律关系

1. 发票开具的合规性：

   • 根据《中华人民共和国发票管理办法》及相关规定，发票的开具应当与实际交易相符，即销售方应当向购买方开具发票。在此情况下，如果分公司是实际购买方，销售方给分公司开具发票是符合规定的。

2. 收款主体的灵活性：

   • 付款主体并不必然与发票开具主体一致。在实际商业实践中，由于集团内部资金调配、财务集中管理等原因，总公司可能代分公司支付款项。这种操作并不违反法律强制性规定，只要双方之间有明确的约定或协议，且该约定或协议不违反法律法规的强制性规定。

二、实际操作中的注意事项

1. 合同约定：

   • 销售方、分公司和总公司之间应当签订明确的合同或协议，约定发票开具、款项支付等具体事项。合同或协议中应明确分公司是实际购买方，总公司代为支付款项，并约定各方之间的权利义务关系。

2. 财务处理：

   • 在财务处理上，分公司和总公司应当按照实际交易情况进行账务处理。分公司应将发票入账，并确认相关费用或成本；总公司代付款项时，应作为对分公司的债权或内部往来款项进行处理。

3. 税务合规：

   • 各方应确保税务合规，避免出现偷逃税款等违法行为。销售方应按照规定开具发票，分公司和总公司应按照规定进行税务申报和缴纳税款。

三、可能存在的法律风险及防范

1. 法律风险：

   • 如果各方之间没有明确的合同或协议约定，或者约定不明确，可能导致发票开具、款项支付等事项出现纠纷。此外，如果操作不当，还可能引发税务风险，如被税务机关认定为虚开发票等。

2. 风险防范：

   • 为防范法律风险，各方应签订明确的合同或协议，并约定详细的条款和条件。同时，各方应加强内部管理，确保财务和税务处理的合规性。在出现纠纷时，应及时寻求法律途径解决。

总结来说，销售方给分公司开票而总公司付款，在符合合同约定、财务处理合规且税务合规的条件下，是合法的。但为了避免潜在的法律风险，各方应签订明确的合同或协议，并加强内部管理和风险防范。如果您在实际操作中遇到任何问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。