结论是：给总公司开票但付款的是分公司，这种操作本身并不直接违法，但需要满足一定的条件和程序，否则可能引发税务和法律风险。
一、从税务角度分析
发票的开具与接受：
- 根据《中华人民共和国发票管理办法》的规定，发票是购销商品、提供或者接受服务以及从事其他经营活动中，开具、收取的收付款凭证。因此，发票的开具应当与实际的交易内容相符。
- 如果总公司与分公司之间存在明确的内部结算关系，且该交易在税务上被视为总公司与外部客户之间的交易（即分公司作为总公司的代理或分支机构进行收款），那么给总公司开票而由分公司付款，在税务上可能是被接受的。但这种情况需要确保税务处理的合规性，比如分公司收款后是否及时、足额地转付给总公司，以及是否在税务申报中正确反映了这一交易。
税务风险：
- 如果发票的开具与实际的付款方不一致，且没有合理的解释或内部结算协议作为支撑，那么可能引发税务机关的质疑或调查。税务机关可能会认为这种操作存在偷逃税款、虚开发票等违法行为的风险。
- 因此，为了避免税务风险，建议企业在操作时确保发票的开具与实际的交易内容、付款方相一致，或者有明确的内部结算协议和税务处理方案作为支撑。
二、从法律角度分析
合同关系：
- 如果总公司与外部客户之间签订了合同，并约定由总公司开具发票、接收款项，但实际操作中由分公司代为收款，那么需要确保这种操作不违反合同中的约定。如果合同中没有明确禁止这种操作，且双方对此有明确的共识和内部结算协议，那么这种操作在法律上可能是被接受的。
- 然而，如果合同中明确约定了付款方和开票方必须一致，或者这种操作违反了合同中的其他条款，那么可能引发合同纠纷或法律责任。
公司法规定：
- 根据《中华人民共和国公司法》的规定，分公司是总公司的分支机构，不具有独立的法人资格。因此，分公司在民事活动中的行为通常被视为总公司的行为。然而，这并不意味着分公司可以随意代表总公司进行收款或开票等操作。这些操作仍然需要遵循总公司的授权和内部管理规定。
三、建议与措施
明确内部结算关系：
- 如果总公司与分公司之间存在内部结算关系，建议双方签订明确的内部结算协议，规定收款、开票等操作的具体流程和责任划分。
确保税务合规：
- 在进行收款和开票操作时，确保遵循税务法规的规定，避免偷逃税款、虚开发票等违法行为的风险。
审查合同条款：
- 在与外部客户签订合同时，仔细审查合同条款，确保收款方和开票方的约定与实际操作相符。如果需要由分公司代为收款或开票，建议在合同中明确约定并获得客户的同意。
咨询专业律师：
- 如果对具体的操作存在疑问或担忧，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。不过，作为马新丽律师，我很乐意为你提供这方面的法律咨询。
如果有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。