分公司委托分公司付款，由受托方开票，在一定条件下是合法的，但需严格遵循相关法律法规及税务规定。以下是对此问题的详细分析：

一、合法性前提

1. 公司法角度：

   • 分公司作为总公司的分支机构，若已依法设立并领取营业执照，则在总公司或上级分公司授权范围内可从事经营活动，包括付款和开票。但需注意，若分公司仅为内设机构或办事处，无独立法人资格和经营许可，则不具备直接付款和开票的权利。

2. 税法角度：

   • 税收管理中要求发票的开具与实际的交易活动、款项支付等保持一致（即“三流合一”）。因此，分公司委托分公司付款并开票，必须确保交易的真实性和一致性，避免被税务机关认定为虚开发票。

二、具体操作要点

1. 关于付款：

   • 委托付款的分公司应书面明确委托付款的范围、期限等关键事项，并确保付款行为在授权范围内进行。
   • 受托付款的分公司应确保款项支付与委托事项相符，并保留好相关付款凭证。

2. 关于开票：

   • 增值税发票：若两个分公司位于同一县（市）且统一核算，受托方可以委托方名义开具发票。若不在同一县（市），则需符合相关增值税规定，双方应分别向各自所在地主管税务机关申报纳税。同时，开票需有真实的业务基础，并确保发票内容与实际业务相符。
   • 其他发票：开具其他类型发票时，同样需基于真实发生的、与委托方相关的经济业务，并按照发票管理办法等规定进行开具和管理。

三、风险及注意事项

1. 税务风险：

   • 必须确保符合税务规定，避免被税务机关认定为虚开发票或存在其他税务违法行为。
   • 应保留好相关业务合同、资金往来凭证、货物运输单据等资料，以证明业务的真实性。
   • 如违反税务规定，可能面临税务行政处罚，情节严重的还可能涉及刑事犯罪。

2. 法律文件完备性：

   • 委托付款和开票的协议等法律文件应完备，明确双方权利义务。
   • 在涉及第三方（如客户或供应商）时，应提供委托付款开票的相关证明文件，避免引起误解或不必要的法律纠纷。

四、结论与建议

综上所述，分公司委托分公司付款并由受托方开票，在一定条件下是合法的，但具体实施时需综合考虑公司法、税法等多个方面的规定和要求。为确保合规性，建议企业在实施前详细审查相关法律法规，并咨询专业律师或税务顾问的意见。同时，企业应建立健全的内部管理制度，确保付款和开票行为的真实性和合规性，以降低潜在的法律和税务风险。

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