针对您提出的“分公司委托分公司收款开票是否合法”的问题，这实际上涉及到了公司法、税法以及企业内部管理等多个层面。以下是我为您提供的详细分析：
一、合法性基础
公司法规定：
- 分公司作为总公司的分支机构，若已依法设立并领取营业执照，则具备在总公司授权范围内从事经营活动的资格，这包括收款和开票。但关键在于，这种授权必须明确且合法。
- 若分公司仅为总公司的内设机构或办事处，未领取营业执照，则不具备独立收款和开票的权利。
税法规定：
- 税收管理中强调“三流合一”，即发票的开具应与实际的交易活动、款项支付等保持一致。
- 分公司之间的收款和开票行为，必须确保符合税务机关的管理要求，避免被认定为虚开发票等违法行为。
二、具体操作要点
收款方面：
- 若一家分公司需委托另一家分公司代为收款，应确保有总公司的明确书面授权，并详细规定委托收款的范围、期限等关键事项。
- 收款分公司应确保款项最终归属总公司或指定的分公司，且收款行为在授权范围内进行。
开票方面：
- 分公司开票必须基于真实的业务基础，即分公司与客户之间确实存在货物销售、劳务提供或服务交易等经济业务。
- 若分公司与总公司（或另一家分公司）位于同一县（市）且统一核算，可以总公司（或另一家分公司）名义开具发票。
- 若不在同一县（市），则需符合相关增值税规定，双方应分别向各自所在地主管税务机关申报纳税。
- 分公司开票时，应确保发票内容与实际业务相符，避免虚开发票。
三、风险及注意事项
税务风险：
- 必须确保收款和开票行为符合税务规定，避免被税务机关认定为虚开发票或偷逃税款。
- 应保留好相关业务合同、资金往来凭证、货物运输单据等资料，以证明业务的真实性。
法律文件完备性：
- 总公司与分公司之间的委托协议等法律文件应完备，明确双方权利义务。
- 在涉及第三方（如客户）时，应提供委托收款开票的相关证明文件，避免引起误解或不必要的法律纠纷。
内部管理：
- 企业应建立健全的内部管理制度，确保收款和开票行为的真实性和合规性。
- 分公司应定期向总公司报告收款和开票情况，接受总公司的监督和指导。
四、结论与建议
综上所述，分公司委托分公司收款开票在一定条件下是合法的，但具体实施时需综合考虑公司法、税法等多个方面的规定和要求。为确保合规性，我建议您：
- 在实施前咨询专业的法律或税务顾问，对具体的业务模式、合同条款等进行详细的审查和评估。
- 确保有总公司的明确书面授权，并详细规定委托收款和开票的范围、期限等关键事项。
- 建立健全的内部管理制度，加强沟通与协作，确保收款和开票行为的真实性和合规性。
希望以上分析能对您有所帮助。如有任何进一步的问题或疑虑，请随时咨询。