总公司付款而发票开给分公司在特定条件下是合法的，但必须确保业务真实、合规，并符合税务及会计核算要求。以下从多个角度为您详细分析：
一、法律依据与实际操作可行性
公司法角度：
- 根据《中华人民共和国公司法》，分公司不具有独立法人资格，其民事责任由总公司承担。这为总公司与分公司之间的财务和税务处理提供了一定的灵活性。
- 在业务真实可靠的前提下，总公司可以支付货款，并将发票开给分公司。特别是当分公司为独立核算单位时，这种操作还可以便于分公司进行增值税的抵扣。
实际操作角度：
- 实际操作中，这种安排常见于集团企业内部，用于优化资金流和税务筹划。但关键在于确保所有交易均基于真实、合法的业务背景。
二、税务处理与合规性要求
增值税方面：
- 发票应反映实际经济业务，交易需真实且与发票内容相符。若总公司付款但业务实际由分公司发生，发票应开具给分公司，以确保增值税抵扣链条的完整性和准确性。
- 在特殊业务安排或内部结算机制下，若能提供合理证明材料（如委托付款协议）说明付款和开票的合理性，并符合税务机关的要求，这种操作也可能被认可。
企业所得税方面：
- 同样强调业务真实性和关联性。发票开具与实际业务不符可能影响税前扣除。分公司作为核算主体，其费用列支需有合法有效凭证。
- 总公司付款给分公司时，需清晰说明费用与分公司业务的相关性及付款合理性，以避免企业所得税汇算清缴时的风险。
合规性要求：
- 发票的开具和使用受《中华人民共和国发票管理办法》等法规的严格规范。企业必须如实开具和取得发票，否则可能面临税务机关的处罚。
三、会计核算角度的考量
- 总公司付款而发票开给分公司会增加会计核算的复杂性。需建立清晰的往来核算和沟通机制，确保账务处理的准确性和一致性。
- 若处理不当，可能导致财务报表数据不准确，进而影响企业的财务管理和决策。
四、注意事项与建议
合同与支付流程：
- 应有恰当的合同和支付流程作为支撑，确保业务的真实性和合规性。合同中应明确付款方和发票接收方的信息，以及业务的具体内容和金额。
财务记录：
- 即使分公司非独立核算，也需保持财务记录的清晰、准确，作为财务报表的凭证。这有助于在税务检查或法律纠纷时提供有力的证据。
专业咨询：
- 在跨地区资金流动或涉及特定税务安排时，建议咨询专业的税务顾问或会计人员，以确保税务处理的合规性。他们可以根据企业的具体情况提供定制化的建议。
提前沟通：
- 如有疑问或特殊业务情况，建议提前与税务机关沟通，获取明确的指导和认可。这可以避免因误解或忽视税务规定而导致的潜在风险。
五、潜在风险与防范
税务风险：
- 若发票开具与实际业务不符，可能面临税务机关的处罚，包括罚款、滞纳金等。因此，务必确保发票的真实性和合规性。
法律风险：
- 在法律纠纷中，若无法提供充分的证据证明业务的真实性和合规性，可能面临不利的法律后果。因此，建议保留完整的交易文件和证据链。
防范措施：
- 建立健全的财务管理制度，确保账目清晰、准确。
- 定期进行财务审计和自查，及时发现并纠正问题。
- 加强与税务机关的沟通，确保税务处理的正确性。
综上所述，总公司付款而发票开给分公司在法律上是可以操作的，但务必确保业务的真实性和合规性，同时满足税务及会计核算的严格要求。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。