结论：工程款到总公司，用分公司开票是否合法，需根据具体情况判断，主要涉及税务和合同相对性原则两方面。以下从这两个角度进行详细分析：
一、税务角度
发票开具的合规性：
- 根据《中华人民共和国发票管理办法》的规定，发票的开具应当与实际经营业务情况相符。这意味着，如果分公司实际提供了与工程款相对应的服务或商品，且该业务属于分公司的经营范围，那么分公司开具发票在形式上是合规的。
- 然而，关键在于工程款的实际收款方是总公司。如果分公司并未实际收到款项，而是由总公司收取，那么分公司开具发票可能存在“三流不一致”（即资金流、货物流、发票流不一致）的问题，这可能引发税务风险，如被税务机关认定为虚开发票等。
税务风险的防范：
- 为避免税务风险，建议在实际操作中确保资金流、货物流和发票流的一致性。如果工程款确实需要由总公司收取，但服务或商品由分公司提供，可以考虑通过内部调拨资金或签订三方协议等方式，确保交易的合规性。
- 同时，应咨询当地税务机关，了解具体的税务政策和操作要求，以确保发票的开具和收取符合税务规定。
二、合同相对性原则角度
合同主体的明确性：
- 根据合同相对性原则，合同的权利和义务应当由合同双方承担。如果工程款的支付是基于一份合同，且该合同的双方是总公司和发包方，那么分公司并非该合同的主体，原则上不应直接开具发票给发包方。
- 如果分公司希望开具发票，可能需要与发包方和总公司协商，通过签订补充协议或变更合同主体等方式，明确分公司在合同中的地位和权利义务。
合同变更的合法性：
- 如果合同双方同意变更合同主体或增加分公司作为合同的一方，那么分公司开具发票将具有合同依据。但需要注意的是，合同变更应当遵循法律法规的规定，如《中华人民共和国民法典》中关于合同变更的规定，确保变更的合法性和有效性。
综合建议
- 确保合规性：在开具发票前，应确保交易的真实性和合规性，避免虚开发票等违法行为。
- 咨询专业意见：由于税务和合同问题涉及复杂的法律和政策规定，建议在实际操作前咨询专业的税务和法律人士，以确保交易的合法性和安全性。
- 完善内部管理：企业应加强内部管理，明确总公司和分公司的职责和权限，避免出现管理混乱和法律风险。
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