收到总公司的付款但开出分公司的发票，在特定条件下是合法的，但必须确保业务真实、交易合规，并满足税务及会计核算的要求。以下是详细分析：
一. 合法性及前提条件
- 业务真实性：根据《中华人民共和国发票管理办法》，发票应当真实反映经济业务的情况。因此，收到总公司的付款但开出分公司的发票，必须基于真实、合法的交易背景。即，分公司确实提供了相应的货物或服务给总公司，或者存在合理的业务安排。
- 公司关系：分公司作为总公司的分支机构，在业务运营和财务管理上通常存在一定的关联性。在合法合规的前提下，总公司与分公司之间的资金往来和发票开具是可以被接受的，但需确保符合税务规定。
二. 税务处理要点
增值税：
- 分公司开具发票给总公司，需确保交易的真实性和相关性，以便总公司能够进行增值税的抵扣。
- 若资金流、货物流、发票流不一致，需准备充分的证明材料以说明商业合理性，避免被税务机关认定为虚开发票。
企业所得税：
- 分公司开具的发票应作为总公司费用扣除的合法有效凭证。
- 总公司需确保费用与取得收入有关、合理且真实，避免不合理的费用分摊或转移利润。
三. 财务及法律风险
- 财务核算：分公司和总公司应建立清晰的往来核算和沟通机制，确保账务处理的准确性和一致性。
- 法律责任：保留完整的证据链，如合同、付款凭证、发票等，以明确各方权利义务，避免法律责任界定不清的风险。
四. 操作建议
- 规范操作流程：明确总公司与分公司之间的资金往来、交易安排和发票管理规定，确保合规性。
- 税务咨询：在涉及特定税务安排或跨地区资金流动时，建议咨询专业的税务顾问，以确保税务处理的正确性。
- 保留证明材料：留存好所有相关证明材料，如委托付款协议、交易合同、发票等，以备税务机关核查。
综上所述，收到总公司的付款但开出分公司的发票在特定条件下是合法的，但务必确保业务的真实性和合规性，同时满足税务及会计核算的严格要求。通过遵循相关法律法规、建立清晰的账务处理机制，并适时寻求专业咨询，企业可以有效规避潜在的税务风险和法律问题。