总公司收款而分公司开票是否合法，需分情况讨论，关键在于是否符合税法及发票管理规定，且业务实质与开票主体一致。具体分析如下：

1. 若分公司独立核算且业务真实发生，通常合法
   根据《增值税暂行条例》及发票管理规定，发票的开具需与实际经营业务一致。若分公司独立核算、独立纳税，且实际提供了服务或销售了货物（即业务真实发生在分公司），则由分公司开具发票、总公司收款（需通过内部协议明确资金归属）是合法的。但需注意：

   • 分公司需在税务机关完成税务登记，并具备独立开票资格；
     
   • 总公司与分公司之间需签订内部协议，明确资金代收代付关系，避免被认定为“虚开发票”；
     
   • 实际业务流、资金流、发票流需“三流一致”，否则可能被税务机关质疑业务真实性。

2. 若分公司未独立核算或业务未实际发生，则可能违法

   • 若分公司未独立核算：分公司作为总公司的分支机构，若财务、税务均由总公司统一管理，且分公司未实际开展业务，此时由分公司开票可能被认定为“为他人虚开发票”，违反《发票管理办法》第二十二条，面临罚款（最高50万元）甚至刑事责任。
     
   • 若业务未实际发生：即使分公司独立核算，若开具的发票与实际业务不符（如无真实交易、虚构业务），同样构成虚开发票，需承担法律责任。

3. 实务建议：通过内部协议明确权责，并确保“三流一致”

   • 总公司与分公司应签订书面协议，明确资金代收代付、业务归属等条款；
     
   • 保留业务合同、物流单据、付款凭证等证据，证明业务真实性；
     
   • 定期与税务机关沟通，确保操作符合当地政策（部分地区对分公司开票有特殊规定）。

总结：总公司收款、分公司开票的合法性取决于分公司是否独立核算及业务真实性。若符合条件，操作合法；若不符合，可能涉及虚开发票风险。建议根据具体业务模式设计合规方案，必要时可进一步向我咨询细节。