在符合特定条件下，总公司开发票、分公司收款的行为是合法的。具体分析如下：
- 税务与发票管理角度
根据《发票管理办法》及增值税相关规定，发票的开具应与实际交易主体一致。若总公司与分公司存在内部授权或委托收款协议，且业务实质由总公司承接（如合同签订方为总公司），则总公司开具发票、分公司收款的行为可视为合法代收代付。此时需确保：
- 分公司收款后及时将款项转付总公司，避免资金混同；
- 税务申报时，总公司按发票金额申报纳税，分公司不重复计税。
风险点：若分公司独立核算且未与总公司明确资金归属，可能被税务机关认定为“虚开发票”或“转移利润”，面临补税、罚款等风险。
- 合同与主体资格角度
若合同由总公司签订，但实际服务由分公司提供（如分公司具备独立经营资质），则需通过合同补充协议明确：
- 分公司为实际服务提供方，总公司仅代开发票；
- 收款方与发票开具方分离的合理性（如分公司无独立开票权限）。
风险点：若合同未明确约定，客户可能以“发票与实际服务方不符”为由拒绝付款，甚至引发合同纠纷。
- 财务与审计合规角度
从企业内部管理看，需建立严格的资金监管制度：
- 分公司收款后需在账目中清晰标注“代总公司收款”，并定期与总公司对账；
- 避免分公司将款项用于自身经营，导致总公司无法完整核算收入。
风险点：若财务记录混乱，可能影响企业年度审计，甚至被认定为“账外资金循环”，触发税务稽查。
建议操作步骤：
- 签订内部协议：明确总公司与分公司在业务、资金、税务上的权责分工；
- 修改合同条款：若分公司实际提供服务，需在合同中增加“授权分公司收款”条款；
- 完善财务流程：确保分公司收款后及时划转总公司，并留存转账凭证；
- 咨询税务机关：提前向主管税务局备案，确认操作方式符合当地政策。
若涉及跨地区经营（如总公司与分公司注册地不同），还需关注地方税务差异，避免因政策理解偏差导致合规风险。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。