针对您提出的“建筑分公司开票总公司可以收款吗合法吗”这一问题，我们可以从税务法规和实际操作两个层面来详细解答。
首先，从税务法规的角度来看，根据《国家税务总局关于进一步明确营改增有关征管问题的公告》（国家税务总局公告2017年第11号）的规定，建筑企业与发包方签订建筑合同后，可以通过内部授权或者三方协议等方式，授权集团内其他纳税人（如分公司）为发包方提供建筑服务，并由该分公司直接与发包方结算工程款，同时由该分公司缴纳增值税并向发包方开具增值税发票。在这种情况下，与发包方签订建筑合同的总公司并不需要缴纳增值税，发包方也可以凭实际提供建筑服务的纳税人（即分公司）开具的增值税专用发票抵扣进项税额。
这一规定明确指出了在建筑服务领域，总公司签订合同后，可以由分公司收款并开具发票，这是合法且被税务部门认可的。
其次，从实际操作的角度来看，如果建筑公司希望采用这种方式进行业务操作，需要注意以下几点：
合同关系：需要明确合同关系，确保合同、发票、资金三流一致。如果可能的话，最好由甲方（发包方）直接与分公司签订合同，这样更符合税务部门的要求。
三方协议：如果甲方不同意与分公司签订合同，或者出于集团管理的需要不允许分公司独立签订合同，那么可以考虑签订三方协议。在三方协议中，可以明确约定由分公司执行合同，并由分公司开具发票并办理财务结算等相关手续。
业务真实性：无论采用哪种方式，都需要确保业务的真实性。只有真实的业务才能作为税务处理的依据，否则可能会面临税务风险。
综上所述，建筑分公司开票而总公司收款在特定情况下（如通过内部授权或三方协议）是合法的，并且得到了税务部门的认可。但需要注意的是，在实际操作中需要确保合同关系清晰、业务真实，并符合税务部门的相关要求。如果您对此仍有疑问或需要进一步的帮助，请随时联系税务部门或专业税务顾问进行咨询。