针对您提出的“建筑业公司中标分公司开票收款是否合法”的问题，以下是我根据相关法律法规和实务操作给出的详细解答：

首先，我们需要明确的是，总公司在中标后，能否让分公司履行合同并以分公司的名义收款开票，这涉及到《招标投标法》中关于中标人义务和转包行为的规定。

根据《招标投标法》第四十八条，中标人应当按照合同约定履行义务，完成中标项目，并且不得向他人转让中标项目，也不得将中标项目肢解后分别向他人转让。这里的“他人”在法律上通常指的是与中标人没有直接法律关联关系的第三方。

然而，分公司作为总公司的分支机构，其法律地位与子公司有所不同。根据《中华人民共和国公司法》和《中华人民共和国民法典》的相关规定，分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。这意味着分公司实际上是总公司的一部分，其经营的业务也是总公司经营业务的一部分。

因此，在实务中，如果总公司中标后将中标项目交由其分公司来办理，并经过适当的内部授权或三方协议，这通常被视为总公司亲自办理中标项目，而非转包行为。这种情况下，分公司经总公司授权履行合同，并以分公司的名义收款开票，在法律上是被允许的。

但需要注意的是，为了确保税务处理的合规性，根据《国家税务总局关于进一步明确营改增有关征管问题的公告》的相关规定，如果建筑企业以内部授权或三方协议等方式授权集团内其他纳税人为发包方提供建筑服务，并由该纳税人直接与发包方结算工程款，那么应由该纳税人缴纳增值税并向发包方开具增值税发票。

因此，在实际操作中，为了确保合法合规，建议由招标人、中标的总公司及实际履行业务的分公司共同签订三方补充协议，明确发票开具及付款结算事宜。这样不仅可以确保各方的权益得到保障，还可以避免潜在的税务风险。

综上所述，建筑业公司中标后由分公司开票收款在法律上是可行的，但前提是必须遵守相关法律法规和税务规定，并确保有适当的内部授权或三方协议作为支撑。